Trong tốc độ công nghiệp hóa, đô thị hóa  mạnh mẽ, quỹ đất canh tác nông nghiệp của huyện Hoài Đức đang dần bị thu hẹp; hiện nay toàn huyện còn trên 4.800ha, bình quân diện tích canh tác theo nhân khẩu thấp. Đất canh tác ít nên vấn đề nâng cao giá trị trên một đơn vị diện tích canh tác được Huyện ủy, HĐND, UBND huyện đặc biệt quan tâm và  tập trung lãnh đạo, chỉ đạo cơ sở quyết tâm thực hiện thành công các đề án chuyển đổi cơ cấu cây trồng, vật nuôi theo hướng hàng hóa. Trong đó, phong trào xây dựng cánh đồng 50 triệu/đồng/ha được triển khai sớm và thu được kết quả khả quan, góp phần cải thiện đời sống bà con nông thôn. Đến nay toàn huyện đã có 8 cánh đồng (tại các xã Tiền Yên, Song Phương, Dương Nội, Đông La, Yên Sở) với tổng diện tích 76,4ha cho giá trị bình quân đạt 108,1 triệu đồng/ha. Tiêu biểu như HTX Đông Lao, xã Đông La thực hiện công thức luân canh Lúa, rau, cà chua đông; ngô hàng hóa + lúa, màu trên quy mô 10ha, giá trị thu nhập bình quân đạt 134,8 triệu đồng/ha. Nắm bắt được nhu cầu thị trường đối với những sản phẩm nông nghiệp, thực phẩm sạch, vụ đông năm 2006 huyện Hoài Đức đã  triển khai mô hình sản xuất rau an toàn  diện tích 29ha thuộc vùng bãi sông Đáy của 2 HTX Phương Viên và Phương Bảng (Song Phương). Trong đó, HTX Phương Viên có diện tích 15ha tại khu Dưới Bầu với 446 hộ tham gia trồng, HTX Phương Bảng 14ha tại khu Sau Cầu với 407 hộ tham gia. Nhờ thường xuyên được tập huấn chuyển giao khoa học kỹ thuật, các hộ trồng rau đã nắm bắt và tuân thủ quy trình sản xuất rau an toàn. Các hộ tuyệt đối không dùng phân tươi, nước tưới bẩn, lạm dụng thuốc bảo vệ thực vật nên các loại rau như: Cải bắp, su hào, súp lơ, cà chua... đảm bảo sạch, được thị trường chấp nhận. Qua hơn một năm triển khai, mô hình sản xuất rau an toàn bước đầu cho hiệu quả, giá trị thu nhập đạt 80 triệu đồng/ha. Nhằm đáp ứng nhu cầu thị trường, góp phần bảo vệ môi trường, bảo vệ sức khỏe người sản xuất và người tiêu dùng, năm nay huyện Hoài Đức sẽ mở rộng diện tích trồng rau an toàn tại HTX Phương Viên lên 58,6ha và trồng mới 10ha tại xã Vân Canh, đưa tổng diện tích trồng rau an toàn trong toàn huyện lên hơn 90ha.

Bên cạnh đó, các loại cây ăn quả cho giá trị thu nhập cao như Cam Canh, bưởi Diễn... cũng đang được khuyến khích phát triển trên địa bàn huyện, tạo nên vùng cây hàng hoá rộng lớn. Toàn huyện hiện chuyển được 450 ha từ trồng lúa, màu giá trị thu nhập thấp sang trồng cây ăn quả, trong đó 50ha diện tích mới chuyển đổi năm 2006 tập trung ở các xã vùng bãi như: Song Phương, Đắc Sở, Yên Sở, Đông La... Các mô hình trang trại, vườn trại chuyên canh cây ăn quả đang hình thành ngày càng nhiều do mặt hàng nông sản này có nguồn tiêu thụ dồi dào, giá cả  ổn định. Giá trị thu nhập 1ha canh tác sau khi chuyển đổi đưa trồng cam Canh đạt từ 280 -330 triệu đồng/ha, bưởi Diễn đạt từ 310 - 330 triệu đồng/ha.

Hoài Đức hiện nay, trong bức tranh nông nghiệp hàng hóa đa dạng, ngoài màu xanh bạt ngàn của rau sạch, bưởi, cam Canh, cây cảnh còn rực rỡ sắc màu của hoa trên tổng diện tích 81ha hoa. Các xã có diện tích trồng nhiều là: Thị trấn Trôi, Đông La, Tiền Yên, An Khánh... Năm 2006, huyện đã triển khai 4 mô hình mới: Trồng hoa cúc; hoa hồng; hoa loa kèn giống Đan Mạch và hoa Ly. Các mô hình đã cho hiệu quả, tiêu biểu như hoa hồng thu được trên 30.000 bông/sào/vụ, cho lãi gần 6 triệu đồng; hoa cúc thu 15.000 bông/sào/vụ, lãi trên 4 triệu đồng... Từ hiệu quả thực tế, năm 2007 huyện sẽ nâng diện tích trồng hoa, cây cảnh toàn huyện lên 90ha.

Đồng thời với chuyển dịch cơ cấu cây trồng, Hoài Đức đã phát huy lợi thế làng nghề, tận dụng nguồn bã thải từ chế biến nông sản, thực phẩm để phát triển mạnh các mô hình chăn nuôi cung cấp thực phẩm trong địa bàn và các vùng phụ cận, nhằm đưa giá trị ngành chăn nuôi đạt 186 tỷ đồng, chiếm 56% cơ cấu nông nghiệp. Hiện nay huyện Hoài Đức có tổng số gần 41 nghìn hộ thì có trên 18 nghìn hộ tham gia chăn nuôi. Toàn huyện đã có các dự án cho vay vốn phát triển chăn nuôi bò thịt và bò sinh sản tại các xã Tiền Yên, Minh Khai, Cát Quế, Vân Côn... Năm 2006, trên địa bàn huyện đã có 2 HTX chăn nuôi được thành lập và đang hoạt động hiệu quả là HTX Chăn nuôi Hợp Thắng, xã Cát Quế và HTX Chăn nuôi Hoài Đức.

Tuy nhiên hiện nay, quá trình chuyển đổi cơ cấu cây trồng, vật nuôi gặp không ít khó khăn do diện tích sản xuất manh mún, nhỏ lẻ, ô nhiễm môi trường từ chăn nuôi, chưa tìm được nguồn tiêu thụ sản phẩm, ổn định cho rau an toàn... Để vượt qua những khó khăn đó, huyện Hoài Đức đang nỗ lực đẩy mạnh áp dụng tiến bộ khoa học kỹ thuật, xây dựng thương hiệu cho rau an toàn và các sản phẩm nông sản, thực phẩm khác... khẳng định uy tín, chất lượng sản phẩm chiếm lòng tin của người tiêu dùng, mở rộng thị trường.