-   Có thể đã có sẵn trong thực phẩm ở trạng thái tự nhiên. Thí dụ trong sữa, mật o­ng, dâu tây, táo, hành, rau cải... Người ta tìm thấy những chất có khả năng ức chế sự phát triển của vi khuẩn, ví dụ ức chế sự phát triển của tụ cầu vàng (Staphylococcus aureus).

-   Có thể nhiễm lẫn vào thức ăn do thức ăn tiếp xúc với môi trường dùng để bảo quản thực phẩm. Ví dụ kháng sinh được cho vào đá để bảo quản cá tươi, gia cầm đã làm lông để tươi, kháng sinh được cho vào bao bì vỏ ngoài của phomat để chống lên men mốc.

-   Có thể tồn dư trong thực phẩm do sử dụng kháng sinh để phòng trị bệnh trong quá trình chăn nuôi gia súc, khi giết thịt, kháng sinh tồn dư trong sản phẩm:

+ Kháng sinh cho vào thức ăn với mục đích kích thích sự phát triển của gia súc.

+ Kháng sinh cho súc vật uống để phòng bệnh trong mùa dịch bệnh.

+ Kháng sinh được sử dụng để chữa bệnh cho súc vật, sau đó giết thịt.

+ Kháng sinh tiêm vào súc vật hoặc cho súc vật uống trước khi giết thịt với mục đích kéo dài thời gian, tránh hư hỏng của thịt tươi. Hoặc cho gà đang đẻ uống thêm kháng sinh để trứng đẻ ra chứa một lượng kháng sinh tuy nhỏ nhưng đủ để kéo dài thời gian bảo quản.

-   Kháng sinh đôi khi được cho thẳng vào thực phẩm với mục đích ức chế, tiêu diệt vi sinh vật để bảo quản thực phẩm.

Kháng sinh có tác dụng chủ yếu đối với vi khuẩn, nhưng đối với nấm mốc, nấm men thì tương đối. Dùng kháng sinh bảo quản thực phẩm vừa rẻ vừa đơn giản, vừa không cần trang thiết bị đặc biệt, cho nên vào những năm trước năm 1960, nhiều nước trên thế giới sử dụng rộng rãi kháng sinh để bảo quản thịt, cá tươi và ướp lạnh, các sản phẩm chế biến từ cá, thịt. Nhưng từ sau năm 1960, dần dần người ta thấy những tồn tại trong việc sử dụng kháng sinh làm thuốc bảo quản rất nguy hại cho sức khỏe người tiêu dùng.

*     Sự tồn dư kháng sinh trong thực phẩm gây hại trực tiếp cho người tiêu thụ

Một số kháng sinh khó bị phân hủy, còn tồn dư trong thực phẩm, người sử dụng liên tục có khả năng xảy ra những nguy hiểm sau đây:

+ Làm thay đổi hệ vi khuẩn ở đường ruột và làm rối loạn sự tổng hợp vitamin ở trong ruột.

+ Một số người quá nhạy cảm đối với kháng sinh có thể bị dị ứng, hoặc có thể gây ra chết người khi cần tiêm kháng sinh để chữa bệnh.

+ Ngoài ra nó còn gây ngộ độc do các chất chuyển hóa của kháng sinh gây ra.

+ Ngày nay người ta còn phát hiện thêm một số kháng sinh có khả năng gây ung thư cho người.

*     Dùng kháng sinh thường xuyên còn gây ra sự đề kháng kháng sinh của vi trùng gây bệnh

Hiện tượng đề kháng kháng sinh của vi sinh vật làm cho việc điều trị các bệnh nhất là một số bệnh truyền nhiễm không còn hiệu quả. Thí dụ người ta dùng Clotetracyclin (Aureomycin) cho vào nước đá để bảo quản cá và cho vào nước dùng để làm lạnh trong bảo quản thịt gia cầm đã làm lông để ức chế vi sinh vật phát triển, nhưng nếu điều kiện thay đổi (nhiệt độ tăng, vệ sinh kém...) có thể có những vi sinh vật kháng Clotetracyclin có hại cho thực phẩm và cho sức khỏe người tiêu dùng. Ở một số nước, hiện nay đã có những loại Salmonella kháng Cloramphenicol do đó người ta cấm sử dụng Cloramphenicol trong bảo quản thực phẩm và thực phẩm nào đã bị nhiễm lẫn Cloramphenicol cũng không được sử dụng. Tôm đông lạnh của Trung Quốc năm 2001 đã bị các nước EU cấm nhập do có tồn dư Cloramphenicol./.