Quản lý chất thải lắng tụ
Trong mô hình nuôi không thay nước hay thay nước ít, sẽ có nhiều chất thải tích tụ dưới đáy ao trong suốt vụ nuôi do không được dọn tẩy, vì thế cần tránh khuấy động các chất thải này, nếu không chúng sẽ làm ô nhiễm nước, giảm lượng ô xy sẵn có và sinh ra chất độc trong ao. Qua thực nghiệm cho thấy, có lẽ sẽ có lợi hơn nếu bơm chất thải ra khỏi ao trong suốt vụ nuôi để tránh làm chất này lơ lửng trở lại nước ao trong thời gian nuôi.
Giữa các vụ nuôi cần vệ sinh ao kỹ lưỡng để loại bỏ chất thải và giữ chất hữu cơ trong ao ở mức tối thiểu. Ở những ao mà đất có độ xốp cao, lượng chất hữu cơ sẽ tăng theo thời gian nuôi chủ yếu do nước thẩm lậu kéo theo vật chất hữu cơ vào trong đất. Vì thế lót ao sẽ giúp hạn chế trở ngại này.
Hàng năm, nên tháo cạn ao để loại bỏ hết các chất thải lắng tụ ở ao lắng và kênh. Nếu không loại bỏ chất thải hoàn toàn, chúng sẽ góp phần làm tăng đáng kể lượng chất hữu cơ đưa vào ao nuôi làm ao cạn dần.
Theo dõi chất lượng nước
Nên đo ô xy và pH 2 lần mỗi ngày, đo NH3 và độ trong hàng ngày. Việc theo dõi thường xuyên giúp phát hiện sớm những trở ngại để có cách quản lý hiệu quả.
Sục khí
Các ao có nhiều chất hữu cơ cần phải sử dụng máy sục khí sao cho có hiệu quả. Mô hình thay nước ít cần kết hợp với máy đập nước đòn trục ngắn và máy đòn trục dài. Các ao chứa cũng nên sục khí tốt để tăng cường hoạt động của các vi sinh vật, từ đó sẽ loại bỏ hiệu quả các chất dinh dưỡng trong nước.
Kiểm soát pH
Có thể cải thiện hệ đệm của nước ao bằng cách bón vôi vào đầu chu kỳ nuôi. Sử dụng vôi quá mức, nhất là trong tháng đầu tiên của chu kỳ nuôi sẽ làm cho pH cao, vì thế phải kiểm soát hiệu quả việc bón vôi.
Sự phát triển của phiêu sinh vật
Ở các ao không thay nước và thay nước ít, có thể kiểm soát phiêu sinh vật bằng cách ngừng sục khí và bón một lượng nhỏ bột tây hay BKC (0,1-0,5mg/lít nước) vào một góc ao. BKC ô xy hóa các vật chất hữu cơ và nó được trung hòa dần, với một lượng nhỏ sẽ không ảnh hưởng đến cả ao. Tuy nhiên điều quan trọng là không được diệt các phiêu sinh vật trong ao khi pH cao vì khi phiêu sinh vật phân hủy có thể tạo ra khí NH3 đến mức gây độc. Có thể dùng Fomalin để diệt bớt tảo và làm giảm pH để hạn chế được khả năng gây độc của NH3.
Những loại hóa chất nói trên có thể dùng để kiểm soát tảo mắt (có màu nâu hay đỏ sẫm). Có thể ngừng sục khí vào một buổi chiều, tảo mắt sẽ nổi lên mặt nước, gió hay máy sục khí sẽ gom về một đầu ao để dễ dàng diệt chúng.