Do giá cả không ổng định, những tháng cuối năm 2005 và những tháng đầu năm 2006, ngư dân nuôi cá tra xuất khẩu tỉnh AnGiang không mạnh dạng đầu tư để nuôi qui mô lớn, nhiều hộ chuyển sang nuôi các loài cá khác có thị trường tiêu thụ ổn định và hiệu quả kinh tế cao, nên sản lượng cá tra nuôi sụt giảm, năm 2006 An Giang đạt sản lượng cá tra nuôi 145.000 tấn, giảm 25.000 tấn so năm 2005. Trong khi đó thị trường và giá xuất khẩu rất thuận lợi, năm 2006 các doanh nghiệp An Giang đã chế biến xuất khẩu 94.500 tấn sản phẩm cá tra cá ba sa, tăng 72% so năm 2005, Hiện nay lượng cá tra nuôi đến độ tuổi thu họach không còn nhiều, các nhà máy chế biến thủy sản trong tỉnh thiếu cá nguyên liệu sản xuất nên họat động cầm chừng, hầu hết 12 nhà máy chế biến thủy sản trong tỉnh chỉ họat động 30 - 40% công xuất.