Năm 2009, ngành nông nghiệp và phát triển nông thôn phải tập trung đối phó với những khó khăn thử thách lớn về: thiên tai, dịch bệnh, khủng hoảng kinh tế toàn cầu, suy giảm kinh tế trong nước. Bộ đã bám sát chỉ đạo của Chính phủ cùng toàn ngành triển khai thực hiện các nhiệm vụ chính trị, duy trì sự phát triển toàn diện các lĩnh vực nông nghiệp và phát triển nông thôn. Hầu hết các lĩnh vực nông lâm thuỷ sản đều tiếp tục phát triển, trừ sản xuất muối và chăn nuôi đại gia súc có giảm nhẹ. Giá trị gia tăng của ngành nông lâm thuỷ sản đạt 1,9%, giá trị sản xuất tăng 2,9% so với năm 2008.

Trong năm, Bộ đã nỗ lực phối hợp với các Bộ, ngành, các địa phương để thúc đẩy tiêu thụ nông sản, nhất là tăng mạnh khối lượng xuất khẩu, bù đắp phần giá trị giảm do giảm giá, đạt kim ngạch xuất khẩu nông lâm thuỷ sản 15,4 tỷ USD, vượt mức Thủ tướng Chính phủ giao. Đặc biệt, nhờ đẩy mạnh xuất khẩu nên tiêu thụ nông lâm thuỷ sản trong nước cũng thuận lợi hơn, tạo điều kiện tăng thu nhập cho nông dân; lĩnh vực xây dựng cơ bản đạt kết quả cao; triển khai một bước thực hiện Nghị quyết Trung ương 7 (hoàn thành trình 12/13 đề án, trong đó có 2 chương trình mục tiêu quốc gia quan trọng); tiếp tục thực hiện tốt các chương trình, dự án đang thực hiện từ các năm trước; trong điều kiện khó khăn nhưng nông thôn tiếp tục phát triển, đời sống nông dân tiếp tục được nâng cao.

Bên cạnh đó, trong phạm vi quản lý nhà nước của Bộ vẫn còn một số tồn tại: tăng trưởng còn thấp cả về giá trị sản xuất và giá trị gia tăng; nhiều vấn đề lớn tồn tại từ nhiều năm chậm được giải quyết nhất là về chất lượng, hiệu quả và khả năng cạnh tranh của hàng nông lâm thuỷ sản, an toàn vệ sinh thực phẩm, bảo vệ rừng, phòng cháy chữa cháy rừng.

Trong công tác chỉ đạo điều hành của Bộ: năm 2009, Bộ đã nghiêm túc triển khai các nhiệm vụ quản lý nhà nước được giao; bám sát các nhiệm vụ của Chính phủ chỉ đạo tại các Nghị quyết “30”, “01” cuối năm 2008 và đầu năm 2009, bám sát thực tiễn, xử lý kịp thời các tình huống đột xuất về thiên tai, dịch bệnh, thị trường để tháo gỡ khó khăn, thúc đẩy sản xuất kinh doanh; nỗ lực triển khai xây dựng các đề án, văn bản quy phạm pháp luật; tiếp tục hoàn thiện và tăng cường năng lực quản lý bộ máy từ trung ương đến địa phương; nghiêm túc triển khai công tác cải cách hành chính, phòng chống tham nhũng, thực hành tiết kiệm chống lãng phí; đẩy mạnh hợp tác quốc tế và hội nhập.

Tuy nhiên, cũng còn một số vấn đề tồn tại trong chỉ đạo điều hành của Bộ, đó là: một số lĩnh vực chưa triển khai đúng mức, hiệu quả thấp, chưa chuyển biến trong thực tế, như triển khai các nhiệm vụ về lĩnh vực môi trường, quản lý diêm nghiệp, an toàn vệ sinh thực phẩm, công tác thống kê dự báo; nhiều nhiệm vụ thực hiện chậm như xây dựng các chương trình đề án, văn bản quy phạm pháp luật, triển khai một số dự án xây dựng cơ bản, nhất là các dự án ODA, lâm nghiệp; sự phối hợp giữa các đơn vị có việc có lúc còn thiếu chặt chẽ, một số lĩnh vực quản lý còn chồng chéo chức năng nhiệm vụ giữa các đơn vị của Bộ, giữa trung ương và địa phương; việc chấp hành kỷ cương kỷ luật công vụ của một số cán bộ chưa tốt; hoạt động của một số đơn vị chưa đúng tầm quản lý vĩ mô của Bộ, thiếu sâu sát thực tiễn.

Trong năm 2010, Chính phủ đã xác định phải nỗ lực phấn đấu để phục hồi tăng trưởng kinh tế. Đối với ngành nông nghiệp và phát triển nông thôn cần đảm bảo các lĩnh vực sản xuất của ngành tăng trưởng cao hơn năm 2009, giải quyết các bức xúc, đẩy mạnh phát triển nông thôn, góp phần phát triển kinh tế - xã hội nói chung.

Để hoàn thành các mục tiêu Chính phủ, Nhà nước giao, Bộ NN và PTNT cùng các đơn vị cần tập trung thực hiện các giải pháp:

- Bám sát thực tiễn, xử lý kịp thời các vấn đề bức xúc, quyết liệt chỉ đạo sản xuất tăng trưởng với mức cao hơn năm 2009.
- Triển khai mạnh mẽ các chương trình, đề án thực hiện Nghị quyết Trung ương 7 về “Nông nghiệp, nông thôn, nông dân”, tạo chuyển biến mạnh về phát triển nông thôn.
- Triển khai toàn diện nhiệm vụ quản lý thuộc chức năng của Bộ, đồng thời lấy năm 2010 là năm “Chất lượng, hiệu quả”, trong đó quan tâm đặc biệt nâng cao hiệu quả quản lý chất lượng vật tư nông nghiệp, chất lượng hàng nông lâm thuỷ sản, tạo chuyển biến rõ hơn về quản lý an toàn vệ sinh thực phẩm, ngăn chặn phá rừng và phòng cháy chữa cháy rừng.
- Tiếp tục kiện toàn tổ chức bộ máy của Bộ, đẩy mạnh cải cách hành chính, thực hiện Luật phòng chống tham nhũng và Luật thực hành tiết kiệm, chống lãng phí. Trong đó, yêu cầu đặt ra là giảm 30% chi phí liên quan tới thủ tục hành chính như chỉ đạo của Chính phủ, đồng thời tiếp tục cải cách, đổi mới cơ chế chính sách để giúp cho ngành nông nghiệp phát triển với hiệu quả cao hơn.
- Tiếp tục thực hiện các nhiệm vụ về hội nhập kinh tế quốc tế, tăng cường hợp tác quốc tế, trong đó phải tổ chức tốt các hội nghị quốc tế lớn trong năm, chuẩn bị đầy đủ các dự án đề nghị tài trợ quốc tế liên quan đến biến đổi khí hậu, tiếp tục đẩy mạnh thực hiện các nhiệm vụ hợp tác quốc tế với Lào, Cam Pu Chia, châu Phi, châu Mỹ la tinh, chú ý tăng cường hợp tác với Trung Quốc, Mỹ, Nhật Bản, EU và Nga, quan tâm hơn đến khu vực Đông Âu.
- Làm tốt các công tác tuyên truyền, vận động, thông tin, thống kê dự báo trong chỉ đạo các lĩnh vực của ngành, nhất là các chiến dịch truyền thông để hỗ trợ thực hiện các nhiệm vụ chính trị của Bộ, của ngành.