Năm 2006, mặc dù gặp không ít khó khăn, thách thức về thị trường tiêu thụ, nguồn nguyên liệu, diễn biến thời tiết thất thường, giá xăng dầu tăng, dịch bệnh trong các vuông tôm... Nhưng thủy sản Cà Mau tiếp tục đạt được kết quả cao. Tổng sản lượng khai thác và nuôi trồng thủy sản đạt 277.500 tấn, bằng 99,1% kế hoạch năm, tăng 9,1% so với cùng kỳ năm 2005; tổng sản lượng xuất khẩu đạt 66.000 tấn, đạt 100% kế hoạch, tăng 13% so với cùng kỳ năm 2005,… Đặc biệt trong năm này Cà Mau đã triển khai thành công 60 mô hình nuôi thủy sản ở những hệ sinh thái khác nhau.


Trong hơn 2 tháng đầu năm 2007, sản lượng thu hoạch nuôi trồng thủy sản ước khoảng trên 20.000 tấn. Tình hình nuôi tôm công nghiệp: Phần lớn các hộ đã thu hoạch xong đang cải tạo lại ao đầm chuẩn bị vụ nuôi mới. Số hộ đang nuôi tôm phát triển tốt. Hiện nay phong trào nuôi cá nước ngọt trên địa bàn huyện Cái Nước, thành phố Cà Mau, Thới Bình đang phát triển mạnh như: cá chình, bống tượng, cá lóc, thác lát còm….Qua điều tra cho thấy hầu hết các hộ nuôi cá nước ngọt đều đạt hiệu quả, ít rủi ro. Các huyện U Minh, Thới Bình và Trần Văn Thời đang bước vào vụ thu hoạch cá đồng.


Đối với khai thác biển, Cà Mau đã chuyển dần sang khai thác xa bờ và giảm các nghề khai thác sát hại nguồn lợi thủy sản. Các công trình hạ tầng nghề cá từng bước được quan tâm đầu tư. Tính riêng 5 năm 2001 - 2005, sản lượng khai thác từ sông, biển đạt trên 645 tấn (riêng 2005 đạt 139 tấn). Nhờ vậy kim ngạch xuất khẩu thủy sản của tỉnh đạt được kết quả khả quan: đạt 580 triệu USD, vượt 3,6% so với kế hoạch, tăng 13,8% so với cùng kỳ năm 2005. Giá trị sản xuất nuôi trồng thủy sản trong cơ cấu ngành Nông - lâm - ngư nghiệp tăng lên trên 70%. Đa số hộ nuôi trồng thủy sản đều có thu nhập khá hơn các hộ làm nông - lâm nghiệp. Thu nhập bình quân từ 5 - 6 triệu đồng/ha, đặc biệt có hộ đạt 20 - 30 triệu đồng/ha. Từ đầu năm 2007, do thời tiết, khí hậu làm môi trường nuôi trồng thủy sản bị ảnh hưởng. Tuy nhiên, tôm nuôi vẫn đạt sản lượng tương đương cùng kỳ và đang có khả năng phát triển mạnh trong thời gian tới. Việc Việt Nam gia nhập WTO đã tạo đà phát triển cho ngành thủy sản, trong hơn hai tháng qua, tình hình xuất khẩu thủy sản tăng nhanh so với cùng kỳ, tuy nhiên, việc thiếu nguyên liệu cho sản xuất còn diễn ra và vấn đề tiêm chích tạp chất còn xảy ra đã gây khó khăn trong việc sản xuất hàng thủy sản.


Thực hiện chủ trương chuyển dịch cơ cấu sản xuất, Cà Mau đã tập trung và động viên nhân dân chuyển đổi phần lớn diện tích trồng lúa nhiễm phèn mặn, kém hiệu quả sang nuôi tôm nên diện tích nuôi trồng thủy sản của tỉnh tăng đáng kể. Trong đó nuôi tôm sinh thái với những mô hình: nuôi dưới tán rừng ngập mặn, nuôi trong ao vườn, nuôi kết hợp trồng một vụ lúa, nuôi công nghiệp và bán công nghiệp. Bên cạnh đó nhiều hộ dân còn áp dụng mô hình kết hợp khác như: nuôi cá nước ngọt, cá đồng, cá dưới chân rừng tràm, nuôi các loại thủy sản nước mặn, nước lợ như: cua, cá, sò huyết... Nhìn chung các mô hình đều thực hiện đúng yêu cầu và đạt kết quả cao, trong đó nhiều mô hình đã cho thu hoạch tỷ lệ sống của các đối tượng nuôi đạt khá cao điển hình như: mô hình nuôi cá bống tượng trong ao do gia đình ông Vũ Trường Hận (phường 6, thành phố Cà Mau) thực hiện, mô hình nuôi hàu giá thể đơn của ông Nguyễn Hùng Anh (ấp Ông Quyền, xã Tân Ân Tây, huyện Ngọc Hiển); mô hình nuôi tôm thâm canh sử dụng chế phẩm sinh học (vi khuẩn quang dưỡng) của gia đình ông Nguyễn Việt Trung (xã Tạ An Khương Nam, huyện Đầm Dơi)…/.