Các đơn vị bị giải thể chủ yếu do làm ăn thua lỗ kéo dài, sử dụng đất đai không có hiệu quả và không đúng mục đích. Một số nông, lâm trường khi tiến hành bàn giao các công trình công cộng về địa phương cũng đang gặp khó khăn do chính quyền địa phương không nhận bàn giao. Một số nông, lâm trường có những công trình công cộng là tài sản và được tính vào giá trị DN. Do vậy khi tiến hành bàn giao cho địa phương thì vốn bị giảm không nguồn bù đắp trả ngân hàng và khi định giá tài sản để đăng ký kinh doanh khi chuyển đổi bị giảm nhiều.
Đặc biệt một số địa phương khi xây dựng đề án sắp xếp lại DN chưa đánh giá được hết những vướng mắc về thủ tục khi chuyển đổi các mô hình nông, lâm trường thành Cty nông nghiệp và Cty lâm nghiệp do vậy khi triển khai thực hiện đề án đã được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt gặp nhiều lúng túng trong thủ tục chuyển đổi, nhất là trong thủ tục đăng ký kinh doanh của đơn vị ở Sở Kế hoạch và Đầu tư của tỉnh. 3 địa phương vẫn chưa có đề án sắp xếp đổi mới và phát triển nông, lâm trường quốc doanh là Hà Nội, Hải Dương và Tiền Giang.