Kiến nghị của Hội nghị đã được các cấp có thẩm quyền và các doanh nghiệp hưởng ứng. 

Kiến nghị nóng bỏng nhất là Bộ Tài chính nên thực hiện trở lại Công văn số 162 ngày 19/8/2004 của Văn phòng Chính phủ thông báo ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng về việc đồng ý giãn nộp thuế giá trị gia tăng nhập khẩu phân bón từ 60 ngày lên 90 ngày.

Sau hội nghị, ông Đỗ Duy Phi, Tổng giám đốc Tổng công ty Hóa chất Việt Nam, Chủ tịch Hiệp hội Phân bón Việt Nam, đã thông báo Tổ điều hành thị trường trong nước đã tiếp nhận kiến nghị này.

Đại diện Bộ Tài chính cũng giải thích việc rút ngắn thời gian nộp thuế là do áp dụng theo Luật thuế mới. Nhưng việc kéo giãn thời gian nộp thuế đối với phân bón sẽ được tiếp tục vì đây là một trong 10 mặt hàng trọng yếu mà Nhà nước cần quản lý, điều tiết về giá cả.

Theo đánh giá của Bộ Công Thương và Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, để có đủ nguồn phân bón phục vụ sản xuất nông nghiệp, các nhà sản xuất, nhập khẩu đã vượt mọi khó khăn, tìm nguồn nhập khẩu trong thời điểm giá hợp lý nhất, phục vụ nông dân trong năm 2007.

Biểu hiện rõ nét nhất là kết quả sản xuất, các mặt hàng xuất khẩu chiến lược đều được mùa, xuất khẩu nông lâm sản 8 tháng đầu năm đạt 6,1 tỷ USD, tăng 25% so cùng kỳ 2006. Riêng cà phê đã đạt 1,42 tỷ USD, tăng gấp 2 lần cùng kỳ. Trong 8 tháng đầu năm 2007, cả nước đã sử dụng 3.930.000 tấn phân vô cơ các loại, riêng phân urê hạt trong kể cả lượng phối trộn làm NPK là 900.000 tấn.

Hiệp hội phân bón Việt Nam cho biết, qua tham khảo ý kiến của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn trong vụ Đông Xuân 2007 - 2008, các loại phân super lân, lân nung chảy, NPK, phân NLP, phân hữu cơ vi sinh, phân đặc chủng các loại sản xuất trong nước có khả năng sản xuất gần hết và hết công suất.

Riêng với phân urê, các cơ quan quản lý sản xuất nông nghiệp đã phối hợp với Hiệp hội để tính đúng, bằng biện pháp bón phân cân đối, sẽ giảm số lượng xuống còn 750.000 tấn so với 900.000 tấn của những năm trước.

UBND các tỉnh có cửa khẩu phía Bắc đã nhận được kiến nghị, đang quan tâm chỉ đạo các ngành hữu quan như thuế, hải quan ở các cửa khẩu tạo điều kiện để nhập khẩu phân bón urê từ Trung Quốc thuận lợi. Hai Công ty Phân bón Bình Điền và Phân bón miền Nam đã xuất khẩu lượng phân NPK trị giá 3,5 triệu USD cho Campuchia.

Từ sự kiện này, một kiến nghị cũng đã được các nhà quản lý xuất nhập khẩu ghi nhận là trong tình hình biến động về thị trường và giá cả như hiện nay, doanh nghiệp nhập khẩu phân bón có thể tạm nhập tái xuất, miễn là bảo đảm kinh doanh có lãi. Có nhập, có xuất thì giá cả phân bón sẽ không còn bị thả nổi nữa.