Bất chấp khuyến cáo của Sở NN-PTNT và chính quyền địa phương, nhiều nông dân vẫn trồng giống lúa IR 50404 vụ đông xuân 2009-2010. Kết cục, năng suất thấp mà còn rớt giá.
Theo thống kê của ngành nông nghiệp tỉnh An Giang, vụ ĐX 2009 – 2010, diện tích lúa IR 50404 chiếm trên 20%, tức khoảng 46.800 ha, tăng hơn gấp đôi so với vụ ĐX năm trước. Đứng đầu là huyện An Phú, Châu Đốc và Tri Tôn trồng lúa IR 50404 từ 30% - 50% diện tích.
Do chạy theo phong trào nên nhiều nông dân lấy cả lúa thịt làm giống. Hậu quả, lúa bị phát sinh nhiều dịch hại như rầy nâu, đạo ôn lá, cổ bông, lem lép hạt…tốn nhiều chi phí nhưng năng suất thấp hơn các bộ giống OM và Jasmine từ 1-1,5 tấn/ha, giá bán cũng thấp hơn 150 – 250 đồng/kg.