Tổng vốn thực hiện đề án từ 2008- 2020 là 576 tỷ đồng. Trước mắt, từ 2008- 2010, đề án sẽ lập cơ sở dữ liệu của các loài thuỷ sinh quý hiếm; đồng thời, đề xuất các loại hình bảo vệ thích hợp cho từng đối tượng. Bộ NN- PTNT phối hợp với các bộ, ngành soạn thảo các văn bản pháp luật hướng dẫn quản lý, khai thác, bảo tồn, lưu giữ nguồn gen, quy định vùng cấm khai thác, giống loài cấm khai thác.

Đặc biệt, theo đề án, sẽ xây dựng thí điểm khu bảo tồn một số loài thuỷ sinh đặc hữu như cá Mòi Cờ, cá Cháy, cá Chiên, cá Anh Vũ, cá Rầm Xanh, cá Hoà (vùng trung lưu sông Hồng và hạ lưu sông Đà); cá Chình, đặc biệt là cá Chình Hoa (hạ lưu sông Ba, sông Hương); một số loài cá vùng cửa sông Tiền (các tỉnh Bến Tre, Trà Vinh); một số loài di cư trên lưu vực sông Mekong (tỉnh An Giang); một số loài ở vùng đất mũi Cà Mau và bãi giống nhuyễn thể ven biển tỉnh Thái Bình, Nam Định, Thanh Hoá. Xây dựng khu bảo vệ bãi đẻ của loài rùa tại Côn Đảo.

Bên cạnh đó, đề án giúp phục hồi, bảo vệ và tái tạo thành công 20 loài thuỷ sinh nguy cấp bị đe dọa tuyệt chủng ở mức độ cao (cho sinh sản nhân tạo để thả ra các thủy vực tự nhiên và lưu giữ được nguồn gen). Giai đoạn từ 2010- 2015, sẽ xây dựng mạng lưới giám sát cụ thể cho từng năm về sự biến động của các loài thuỷ sinh quý hiếm có nguy cơ tuyệt chủng trên tất cả các thuỷ vực của VN; thiết lập 15 khu bảo vệ các loài thuỷ sinh ven biển, cửa sông, đầm phá do địa phương quản lý; tiến hành bảo vệ thành công 18 loài thuỷ sinh quý hiếm, nâng tổng số loài lên được bảo vệ là 38 (chiếm 50% số loài có nguy cơ tuyệt chủng); nghiên cứu và cho sinh sản thành công thêm 10 loài thủy sản quý hiếm để phục hồi nguồn lợi; hợp tác với các nước cùng lưu vực sông, biển để bảo vệ các loài di cư. Từ 2016- 2020, mục tiêu là VN sẽ thiết lập bổ sung 22- 30 khu bảo vệ loài thuỷ sinh quý hiếm tại các thủy vực trên cả nước; hoàn chỉnh công nghệ sinh sản nhân tạo các loài thủy sinh quý hiếm để chủ động giống; xã hội hóa công tác bảo vệ, phục hồi giống loài thủy sinh quý hiếm…

Theo Bộ NN- PTNT, đề án quan trọng này sẽ giúp VN xây dựng cơ sở hệ thống dữ liệu về các loài thuỷ sinh quý hiếm có nguy cơ tuyệt chủng ở nước ta. Hơn nữa, thiết lập và đưa vào hoạt động các khu bảo vệ tại các vùng bảo tồn nước nội địa đã có và sẽ có ở VN nhằm lưu giữ nguồn gen, trong đó ưu tiên các loài đặc hữu có giá trị kinh tế, khoa học và tình trạng nguy cấp ở mức độ cao.