Hiện tại, thành phần loài cá ở hồ Ba Bể và sông Năng có 90 loài (không thu được 15 loài). Với 90 loài cá thuộc 57 giống, 18 họ và 5 bộ, trong 90 loài có 38 loài cá có giá trị kinh tế, 20 loài cá quý và cá đặc hữu. Trong 20 loài cá quý có 7 loài ở mức độ hiểm họa đe dọa đến sự tồn tại của loài (theo sách Đỏ Việt Nam năm 2003), chiếm 7,95% tổng số loài.

Thạc sĩ Ngô Sỹ Vân (Viện Nghiên cứu nuôi trồng thủy sản I) cho biết việc khai thác với cường độ khai thác nguồn lợi thủy sản khá cao, làm cho chúng ít có khả năng tái phục hồi quần đàn. Việc săn lùng các loài cá kinh tế, cá quý như cá lăng, cá chiên, cá bỗng, cá chày đất... làm cho sản lượng đã suy giảm ngày càng suy giảm và có nguy cơ tuyệt diệt. Cụ thể, nhiều loài cá xuất hiện trước đây như cá lợ, cá hỏa... thì nay hầu như không còn xuất hiện nữa.

Thạc sĩ Vân cho biết chính xác, hiện tại hồ Ba Bể có 9 loài cá quý hiếm, trong đó một số loài đang đứng trước nguy cơ tuyệt chủng như cá lợ, cá hỏa, cá măn, cá măng, cá hân và nhiều loài ở mức độ đe doạ nguy cấp theo sách Đỏ VN.

Trong các đối tượng nghiên cứu đặc điểm sinh học có giá trị kinh tế cao như cá sỉnh gai, cá chày đất, cá rô mó, cá vền và cá cầy ở hồ Ba Bể và sông Năng thì cá chày đất, cá rô mó, cá vền và cá cầy có thể thuần hoá thành đối tượng cá nuôi kinh tế trong ao.

Theo ông Ngô Sỹ Vân, nguyên nhân làm cho các loài cá giảm sút bởi công tác quản lý bảo vệ nguồn lợi thủy sản hồ Ba Bể còn lỏng lẻo, còn nhiều bất cập, chưa có đội ngũ chuyên trách làm công tác thủy sản.

Cũng theo ông Tuân, sức ép của nhân dân sống xung quanh hồ là khá lớn đối với hồ Ba Bể, đời sống kinh tế của nhân dân còn nghèo nàn, trình độ văn hóa của họ thấp, diện tích đất nông nghiệp ít, không có nghề nghiệp ổn định, đời sống từ xưa vẫn chủ yếu dựa vào khai thác nguồn lợi tự nhiên trên rừng và dưới nước. Việc khai thác và cường độ khai thác nguồn lợi thủy sản khá cao. Đánh bắt cá nhỏ của nhiều loài có giá trị kinh tế làm cho chúng ít có khả năng tái phục hồi quần đàn. Việc săn lùng các loài cá kinh tế, cá quý: Lăng, chiên, bỗng, chày đất... làm cho sản lượng đã suy giảm ngày càng suy giảm và có nguy cơ tuyệt diệt. Cụ thể, nhiều loài cá xuất hiện trước đây như cá lợ, cá hỏa... thì nay hầu như không còn xuất hiện nữa.

Với những diễn biến bất lợi về thủy sản như đã đề cập, đã đến lúc cần có một biện pháp bảo vệ hữu hiệu, cứu lấy những loài cá đang đứng trước nguy cơ tuyệt chủng.