Khi quan sát màu nước trong ruộng, biểu hiện rõ là ở các góc ruộng hoặc quanh bờ. Ở những ruộng mặt nước trong xanh, đất quanh bờ có màu xám ít thấy cỏ mọc hoặc chỉ thấy có cỏ năn mọc lác đác từng chòm thì ruộng đó là phèn nhôm, còn ở nơi mặt nước có váng màu đỏ thì ruộng đó bị phèn sắt. Mức độ ruộng bị nhiễm phèn nhiều hay ít tuỳ thuộc vào độ nông, sâu của tầng sinh phèn. Nếu tầng sinh phèn ở sâu, nằm dưới mặt đất 1-2m hoặc sâu hơn thì tỷ lệ Fe, Al ở trên bề mặt ruộng ít hơn. Còn những ruộng có tầng sinh phèn ở nông, chỉ cách lớp đất mặt dưới 1m (50-60cm chẳng hạn) thì người ta thường nói đó là đất phèn hoạt động, lượng Fe, Al trong ruộng sẽ nhiều hơn và biện pháp cải tạo sẽ khó khăn hơn.

Cây lúa rất mẫn cảm với ngộ độc phèn, nhất là giai đoạn cây lúa còn nhỏ, khi ruộng lúa còn nhỏ 3-4 ngày, phổ biến nhất là giai đoạn 10-30 ngày sau khi sạ. Sự ngộ độc phèn của cây lúa thường diễn ra ở rễ, làm cho rễ có màu đen, ngắn và dễ gãy. Lúa bị ngộ độc phèn thể hiện bằng sự kém đẻ nhánh, cây lùn lại, hạt lép nhiều, lá lúa trở màu vàng cam, lá non bị đỏ, lá lúa thường có màu xanh đậm, mọc thẳng hơn lá bình thường do thiếu lân, cây kém nở bụi, sinh trưởng kém, nhiều hạt lép. Có những giống lúa thiếu lân thì lá già trở nên màu vàng cam hoặc hơi tím và dẫn đến thiệt hại lớn về năng suất. Sự thiếu lân thường xảy ra trên đất chua, đất nhiễm phèn, đất than bùn và đất kiềm. Trên đất trồng lúa chủ yếu là bị nhiễm độc do phèn sắt gây ra. Trồng lúa trên đất bị nhiễm phèn, nếu không có biện pháp khắc phục thì năng suất sẽ rất thấp.

Để khắc phục thiệt hại do phèn sắt gây ra cần áp dụng những biện pháp khắc phục như:

- Trên từng mảnh ruộng cần trang phẳng mặt ruộng vì chỗ trũng thường hay bị nhiễm phèn và giúp lúa mọc và phát triển đồng đều.

- Cần xây dựng hệ thống thuỷ lợi nội đồng thật tốt cho cả cánh đồng và riêng mỗi ruộng lúa của các gia đình để dẫn nguồn nước ngọt tưới khi cần và thoát thuỷ tốt khi rút nước. Trên mỗi mảnh ruộng cần đào mương xung quanh ruộng để chủ động tưới tiêu, mỗi khi ruộng bị nhiễm phèn có thể xả nước một cách dễ dàng.

- Trong quá trình làm đất xuống giống, nhất là vụ hè thu, không nên xới đất sâu quá 10 cm để không đụng tới tầng sinh phèn sẽ tránh được phèn xì lên mặt đất gây hại cho cây lúa non.

- Sử dụng nước ngọt để rửa phèn: nước ngọt đóng vai trò quan trọng nhất trong việc rửa phèn. Tận dụng những đợt nước cao cho nước vào ruộng để xả phèn xuống những kênh mương, luôn có lớp nước mới trên mặt ruộng sẽ ém được phèn. Không nên để ruộng lúa bị cạn nước. Tranh thủ những đợt mưa lớn xả hết nước trên ruộng để tiếp tục có chỗ chứa nước mưa mới. Những trận mưa lớn liên tục sẽ làm độ phèn trong đất và nước giảm rất nhiều.

- Cày ải, phơi khô đất vào mùa khô, dọn cỏ bằng cách gom hết lên bờ, phơi khô và đốt, không nên cắt và cày vùi vì nếu chưa kịp phân huỷ sẽ sinh ra ngộ độc hữu cơ.

- Bón phân cân đối giữa các loại phân đạm, lân và kali. Ruộng bị nhiễm phèn cần bón thêm những loại phân có chứa nhiều lân dễ tiêu như DAP, NPK. Cũng có thể bón thêm sufer lân, vôi bột.

- Phun thêm phân bón lá chuyên dụng cho lúa như Hydrophos để cây hấp thụ dễ dàng và giúp cây phục hồi sức khoẻ, ra rễ mới, sử dụng Till Super trước và sau khi trổ giúp lúa trổ đều, hạt lúa mẩy và màu sắc sáng bóng.