Trung tâm hoạt động  chủ yếu các lĩnh vực nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ sạch trong nông nghiệp; sản xuất chế phẩm sinh học; tư vấn, chuyển giao công nghệ trong lĩnh vực bảo vệ thực vật. Theo Giám đốc Trương Quốc Tùng, trước mắt, Trung tâm tập trung nghiên cứu và chuyển giao các công nghệ sản xuất rau, quả sạch; sản xuất và ứng dụng  chế phẩm EM. Ngay trong lễ ra mắt, Trung tâm đã ký hợp đồng với một số đơn vị, trong đó đáng chú ý là dự án liên kết  sản xuất và kinh doanh rau sạch với một công ty TNHH, tiến tới xây dựng thí điểm một vùng rau sạch rộng 5 đến 10 ha ở ngoại thành Hà Nội.