Sau khi xem xét kết quả phân tích mẫu bệnh tôm và mẫu kiểm tra môi trường của Viện nghiên cứu nuôi trồng thuỷ sản III và Trung tâm giống và kỹ thuật thuỷ sản Phú Yên. Sở Thuỷ sản, Tài nguyên và Môi trường đã thống nhất kết luận như sau: Về bệnh tôm, tác nhân gây bệnh là vi bào tử trùng (Microsporodians) và ký sinh trùng Hematodinium, đã tìm thấy trong mẫu tôm hùm bị bệnh và trong mẫu thức ăn của tôm hùm là sò vặn và tôm sắc với cường độ cảm rất cao. Hơn nữa, số lượng vi khuẩn trong Vibrio tổng số mẫu tôm hùm nuôi và trong thức ăn thu được là khá cao. Vì thế, tôm hùm nuôi bị bệnh là do người nuôi cho ăn các loại thức ăn nói trên.
Về môi trường: Tất cả các chỉ tiêu môi trường tại các điểm thu mẫu đều nằm trong ngưỡng cho phép và ở mức thấp. Vì vậy, có thể nói rằng nguồn nước nuôi tôm hùm lồng tại huyện Sông Cầu chưa bị ô nhiễm.
Theo ông Chế Bá Hùng, Phó giám đốc sở Thuỷ sản Phú Yên, hướng khắc phục đối với số tôm bị bệnh là nên tách đàn và thu hoạch số tôm này vì đây là bệnh ký sinh trùng nội ký sinh nên không thể dùng kháng sinh và hoá chất để trị bệnh. Về thức ăn nên chọn loại thức ăn có chất lượng tốt, không cho ăn loại thức ăn nói trên và loại thức ăn lấy từ vùng bệnh.
Để tránh gây sốc cho tôm, không nên di chuyển lồng nuôi; vệ sinh lồng nuôi phải cẩn thận làm sao hạn chế được tình trạng bệnh lây lan từ vùng này sang vùng khác; Nên cải thiện độ sâu nơi đặt lồng bè và đặt lồng nuôi cách đáy ít nhất 0,8mét để hạn chế nguy cơ phát sinh bệnh.
UBND huyện Sông Cầu chỉ đạo phòng Kinh tế huyện và UBND các xã có nuôi tôm hùm lồng thực hiện nghiêm túc những hướng dẫn khắc phục bệnh tôm. Các ngành chức năng cần thường xuyên theo dõi giám sát môi trường vùng nuôi tôm tại huyện Sông Cầu nói riêng và cả tỉnh Phú Yên nói chung; để có cơ sở để cảnh báo cho người nuôi tôm biết.