Ngô là loại hạt có vỏ mỏng, lại có phôi lớn, chiếm 8-15% trọng lượng hạt, phôi hút ẩm mạnh và chứa nhiều chất dinh dưỡng, nên bị phân huỷ... và dễ bị điều kiện ngoại cảnh ảnh hưởng đến. Bảo quản ngô có 2 cách chính sau đây:
+ Bảo quản cả bắp: Cách này tốt hơn vì phôi hạt vẫn cắm vào lõi, không khí ẩm và sâu mọt khó xâm nhập vào phôi đồng thời có thuận lợi cho việc thông thoáng được dễ dàng, nhiệt độ và độ ẩm không bị tích tụ trong đống bắp.
Bảo quản cả bắp còn làm tăng phẩm chất vì chất dinh dưỡng vận chuyển vào hạt. Tuy vậy cũng có mặt không thuận lợi, vận chuyển cồng kềnh, tốn bao bì, dụng cụ chứa đựng. Khi sử dụng phải tách hạt nên giá thành cao. Kho bảo quản cả bắp thường là kho thoáng xung quanh có lót lưới sắt hoặc phên thưa, cách sàn mặt đất và cách tường 40 - 60 cm: kho có thể cao 3 m. Nếu kho kín thì xung quanh tường có lót phên nứa thưa cách mặt tường trên 20 cm, nếu kho lớn thì đặt ống thông hơi. Bắp phơi được chọn những bắp tốt, thu hoạch xong bóc hết lá, phơi thật khô để thoát hết nước trong lõi và tiêu diệt hết sâu mọt.
Nếu số lượng bắp ít thì có thể buộc túm, treo gác bếp là tốt nhất.
+ Bảo quản hạt để rời: Phương pháp này kém an toàn hơn vì phôi không được bảo vệ nên dễ hút ẩm và dễ bị sâu mọt nấm mốc xâm nhiễm. Theo kinh nghiệm của ngành lương thực thì bảo quản kín là tốt nhất. ở trong kho người ta làm những bức tường bằng trấu dày 20 cm bao phủ lấy khối hạt. Trước khi đổ hạt, lót một lớp trấu dày như trên rồi trải thêm một lớp vôi dày khoảng 3 - 5 cm xong lót một lớp cót và đổ hạt lên trên sau khi đổ đầy hạt, san phẳng lớp mặt, giải cót lên và lại tiếp tục để một lớp vôi xong lại đổ lớp trấu dày lên trên úp kín lấy bề mặt khối hạt. Phương pháp này giữ được hàng năm không bị sâu mọt, nấm và vi sinh vật phá hoại.
Trong điều kiện gia đình với số lượng ít có thể dùng cót quây thành vựa làm 2 lớp, lớp nọ cách lớp kia 20 cm ở giữa trải trấu khô, to cánh và sạch, đáy vựa cũng phải trải lớp trấu dày tới 20 cm rồi trải cót hoặc bao tải sạch đổ đầy hạt vào bảo quản.
Muốn đạt được kết quả tốt khi bảo quản ngô hạt rời bằng phương pháp kín cần phải chú ý các mặt sau:
+ Trước khi nhập kho phải phơi khô hạt thật ròn, loại tạp chất, và loại hạt bị sâu, mọt.
+ Kho phải được vệ sinh sạch sẽ, phun thuốc sát trùng, trấu lót kho phải thật khô và chọn loại trấu to bản trộn với thuốc.
+ Khi hạt đã chớm phát sinh sâu hại thì nhất thiết phải xử lý kịp thời bằng cách phơi nắng hoặc hun thuốc hoá học.
Ngô cũng có thể bảo quản thoáng trong trường hợp cần bảo quản một thời gian ngắn.
Ngoài ra, còn có thể bảo quản ngô bằng bao tải: thuận tiện cho việc vận chuyển, không tốn nguyên vật liệu chứa đựng. Bao tải phải được xếp theo khối hẹp, chạy dài, chiều rộng 3 - 4 bao, chiều cao không quá 10 bao, giữa các khối có lối đi để kiểm tra dễ dàng. Phương pháp này có nhược điểm thường bị sâu mọt, chuột phá hoại nhiều và khó kiểm tra. Những bao tải đựng phải được giặt sạch sẽ, phơi khô để tránh nấm mốc.
+ Bảo quản ngô giống: có thể tiến hành theo những cách trên nhưng tuyệt đối không được bảo quản kín. Ngô giống khi bảo quản phải đảm bảo ngoài việc chống ẩm, chống nấm mốc, sâu mọt, còn phải đảm bảo độ nẩy mầm cao, do đó kho phải thường xuyên thoáng mát và khô ráo. Nếu hạt giống bảo quản ở trạng thái hạt rời thì nên trộn lẫn với lá xoan đã phơi khô để chống sâu mọt.