Bảo quản trứng là giữ cho phôi không phát triển trong giai đoạn từ khi vịt đẻ đến khi đưa vào lò ấp.
Bảo quản trong phòng mát
Thời gian bảo quản trứng cho phép không quá 7 ngày. Nếu bảo quản 1-4 ngày thì nhiệt độ phòng bảo quản là 18- 240C. Nếu bảo quản 1-4 ngày trong điều kiện <150C tỉ lệ nở giảm 2% và vịt nở muộn 2-3 ngày; nếu bảo quản 5- 7 ngày thì nhiệt độ trong phòng bảo quản phải đảm bảo 15-170C. Trong thời gian bảo quản, nếu có điều kiện mỗi ngày đảo trứng một lần kết hợp chuyển trứng ra khỏi kho mát khoảng 1-2 giờ ở nhiệt độ >240C để đánh thức phôi, có ảnh hưởng tốt đến quá trình ấp nở sau này, tránh hiện tượng phôi nghỉ trong suốt thời gian bảo quản.
Trong phòng bảo quản phải đảm bảo độ ẩm 70-80%. Nếu bảo quản ở độ ẩm quá thấp trong quá trình bảo quản trứng mất nước, đến giai đoạn ấp phôi sẽ phát triển yếu, tỉ lệ trứng chết tắc cao, tỉ lệ nở sẽ thấp. Nếu bảo quản ở độ ẩm quá cao sẽ tạo điều kiện cho vi khuẩn hoạt động xâm nhập vào trong trứng làm cho tỉ lệ chết phôi cao khi ấp.
Bảo quản bằng tủ than hoa
Tủ có kích thước to hay nhỏ tuỳ thuộc vào số lượng trứng cần được bảo quản từ hàng trăm đến hàng vạn quả trứng gia cầm. Tủ đóng bằng khung gỗ, thành tủ dày tối thiểu 5cm, mặt ngoài thành tủ là lớp cót ép hoặc gỗ dán có đục những lỗ nhỏ đường kính lỗ khoảng 0,5-1cm, khoảng cách giữa các lỗ với nhau khoảng 20-30cm. Mặt trong của thành tủ là lưới mắt cáo, giữa 2 lớp là than hoa (than đốt từ củi tươi).
Trong tủ xếp các khay trứng hoặc có thanh gỗ để khay trứng, khi cho trứng vào bảo quản thì còn than hoa ngấm đủ nước hoặc cho nước nhỏ liên tục vào than hoa. Khi thấy than hoa khô nước thì chuyển trứng ra khỏi tủ và dùng nước phun trực tiếp vào than, khi thấy than hoa cuối cùng nhỏ nước ra khi đó than đã ngấm đủ nước. Chuyển trứng vào tủ và đóng cửa tủ bảo quản lại.
Chất lượng trứng trong quá trình bảo quản phụ thuộc vào thời gian, nhiệt độ, ẩm độ bảo quản. ẩm độ thích hợp là 70- 80%, nhiệt độ bảo quản hạ được thấp thì thời gian bảo quản sẽ dài.
Phương pháp bảo quản trứng bằng tủ than hoa dựa trên cơ sở than hoa hấp thụ nhiệt tốt, đồng thời quá trình bay hơi nước của than hoa ra ngoài sẽ kéo theo nhiệt độ vì vậy nhiệt độ trong tủ sẽ giảm. Nếu so với điều kiện tự nhiên thì trong tủ than hoa nhiệt thấp hơn khoảng 2-30C (mùa đông xuân), 5-70C (mùa hè), nước ngấm trong than hoa cũng là để duy trì độ ẩm trong tủ bảo quản 70-80%. Khi bảo quản trứng đến 7 ngày bằng tủ than hoa tỉ lệ nở cao hơn 3-5% so với bảo quản ở điều kiện bình thường.
Bảo quản trứng bằng than hoa cũng áp dụng khi cần kéo dài thời gian bảo quản trứng thương phẩm và cũng theo nguyên lý hạ nhiệt độ bảo quản và ổn định ẩm độ. Phương pháp này cũng áp dụng được trong mọi điều kiện và đặc biệt áp dụng cho chăn nuôi nông hộ ở các vùng khác nhau, vừa dễ làm vừa hạ giá thành mà không cần điện. Với phương pháp bảo quản này, chi phí chỉ khoảng 1 đồng/quả trứng so với 15 đồng/quả so với bảo quản bằng kho lạnh.