Trong môi trường tự nhiên, ít khi xảy ra hiện tượng cá bị bệnh chết với một số lượng lớn, nếu các điều kiện môi trường không trở nên xấu đi. Trong môi trường tự nhiên, cá có một cuộc sống bình an, tự do di chuyển và ít khi bị chết. Trong khu vực bị giam giữ của lồng lưới thì lại khác, cá phải chịu đựng rất nhiều yếu tố gây stress, như việc phân loại cá và thay đổi lưới sẽ dễ dàng tạo điều kiện làm cá bị chết. Người nuôi cá thường thấy bệnh xuất hiện sớm sau khi cá được đưa vào nuôi trong lồng lưới. Khi cá mới được đưa vào thường có các triệu chứng xuất huyết và thương tổn trên cơ thể, biểu hiện một số dấu hiệu đã bị lây nhiễm vi khuẩn và chết trong một vài ngày.
Ban đầu chỉ những loài cá chưa thành thục được đánh bắt từ vùng ven biển được nuôi trong lồng, nhưng hiện nay nhiều loài cá có thể được sản xuất trong các trại ương, đặc biệt ở Ðài Loan. Phần lớn các loài cá biển nhiệt đới được tìm thấy trong khu vực này thuộc 3 họ Centropomidae (cá sơn biển), Lutjanidae (cá hồng) và Serranidae (cá mú, cá song). Trong số 3 họ trên, cá hồng và cá song (cá mú) là hai loài được nuôi chủ yếu trong lồng. Hầu hết các trại nuôi cá lồng lưới ở Ðông Nam á đều gặp khó khăn trong việc kiểm soát sức khoẻ của cá.
Tần số xuất hiện nhiều bệnh ở cá nuôi đã tăng lên trong những năm gần đây với sự phát triển nhanh và tập trung lớn hơn của các trại nuôi cá cũng như số lượng lớn các loài cá trong các trại nuôi. Sự nhân giống quy mô lớn, mua bán cá hương/cá bột giữa các vùng, các nước khác nhau đều là các yếu tố chính góp phần làm xuất hiện các bệnh mới và trầm trọng ở cá biển nuôi. Một số các loài cá mới dễ mắc bệnh hơn các loài khác.
Hầu hết sự bùng nổ bệnh tập trung trong giai đoạn từ 2 12 tuần đầu tiên sau khi đưa cá vào nuôi trong lồng lưới. Mức độ nghiêm trọng phụ thuộc vào điều kiện vận chuyển cá trên đường, kích cỡ cá và các loài cá. Ví dụ, cá sơn biển giống khoảng 5 - 8cm rất dễ mắc bệnh thối đuôi ngay sau khi được đưa vào lồng lưới, nhưng các loài cá khác không thường xuyên bị nhiễm. Gần đây (2001/2002), người ta thấy rằng một số lượng lớn cá hồng đỏ cỡ 5cm mới được đưa vào nuôi cũng dễ dàng bị nhiễm bệnh thối đuôi. Ðiều này dẫn đến khoảng 5 -10% tỷ lệ cá chết. Việc sớm phát hiện ra bệnh và điều trị kịp thời là rất quan trọng.
Có nhiều tác nhân gây bệnh, đó là vi khuẩn (Vibrio spp. và Flexibacter maritimus), động vật đơn bào (Cryptocaryon irritans và Trichodina spp.) và động vật sinh sản vô tính (Benedenia spp., Neobenedenia spp., Diplectanum spp., Pseudorhabdosynochus spp., và Haliotrema spp.). Gần đây, một số lượng lớn cá song bột nhập khẩu đột nhiên chết trong các lồng lưới ở Trung Quốc vì bị nhiễm một loại virus mới. Các triệu chứng như vậy cũng xuất hiện đối với cá hồng bột nhập khẩu ở Malaixia.
Thông thường, cá nuôi bị nhiễm ký sinh trùng sinh sản vô tính cao hơn so với những con cá nuôi khoẻ mạnh và cá sống ngoài tự nhiên. Hệ vi khuẩn thường có sẵn trong môi trường nước cũng như ở hệ tiêu hoá của cá, còn động vật đơn bào và động vật sinh sản vô tính lại được đưa vào cùng với cá. Một khi chúng được đưa vào trong trại nuôi thủy sản, thì khó có khả năng tiêu diệt được chúng.
Các hoạt động bảo dưỡng thường xuyên ở một khu nuôi lồng lưới nổi (thay lưới, rửa lưới, phân loại cá) cùng với cá chất lượng kém đã góp phần lớn gây ra stress. Hơn nữa, việc nuôi nhiều loài cá và các lứa nuôi gối nhau dẫn đến trại nuôi lồng lưới nổi trở thành một kho chứa các mầm bệnh.
Trước khi có thể triển khai một chiến lược kiểm tra và xử lý bệnh, cần thực hiện một số bước. Bước quan trọng nhất là phát triển nguồn nhân lực của các trại nuôi, đặc biệt là phải tổ chức một số khoá đào tạo kỹ thuật về công tác quản lý trại nuôi cá như có thể nhận ra các tác nhân gây bệnh và sử dụng thích hợp các cách trị bệnh, các loại hoá chất. Việc đúc kết kinh nghiệm tại trại nuôi với sự tham gia của các công nhân nuôi là rất quan trọng. Công nhân nuôi phải có được sự hiểu biết thông thường khi cá có biểu hiện không khoẻ trong một lồng nuôi. Trong khoá đào tạo cần phải nhấn mạnh rằng, các hành động kịp thời để chữa trị cho cá bị nhiễm bệnh là rất quan trọng. Nếu trì hoãn sẽ dẫn đến kết quả thất thu sản lượng hoặc mất toàn bộ số cá nuôi trong lồng.
Bước thứ hai là thực hiện nghiên cứu dịch tễ học các tác nhân gây bệnh giữa nhiều loài cá nuôi trong trại, đặc biệt chú ý tới các loại và mật độ của các loài động vật đơn bào. Số liệu thu được sẽ cung cấp cho ta một sự hiểu biết sâu sắc về khả năng và mức độ gây bệnh cho cá nuôi ở trang trại đó. Chính phủ cần cung cấp các chỉ dẫn kỹ thuật cần thiết cho những người nuôi cá. Các đội trợ giúp về kỹ thuật từ chính phủ cần tới thăm thường xuyên các trại nuôi cá và thảo luận về bất kỳ vấn đề nào gặp được trong trại nuôi. Họ cũng cần phải quy định cho những người nuôi cá thực hiện một số quy tắc của hoạt động nuôi trồng thủy sản. Ðiều này rất quan trọng, đặc biệt nếu cá được nuôi cho mục đích xuất khẩu.
Hầu hết, người nuôi cá sẽ đối mặt với bệnh trong 8 tuần đầu khi cá hương và cá bột được đưa vào trong lồng lưới. Trong thực tế, những người nuôi cá không có khả năng và phương tiện xác định xem cá giống có chứa bất kỳ tác nhân gây bệnh nào hay không. Bên cạnh đó, thời gian đưa cá đến trại nuôi chỉ vài giờ và với một số lượng lớn đã khiến cho các cá mới đưa đến như là tác nhân gây bệnh tự do, cá khoẻ mạnh có thể ngay lập tức bị đưa vào một ổ các mầm bệnh trong hệ thống lồng lưới.
Nhiều nghiên cứu về bệnh bao gồm cá biển được nuôi trong khu vực nhiệt đới đã chỉ ra các bệnh với nhiều mầm bệnh. Hầu hết các mầm bệnh được tìm thấy là vi khuẩn vibrio, động vật đơn bào và động vật sinh sản vô tính. Vì vậy, sự lựa chọn cách chữa trị là rất cần thiết. Ðộng vật đơn bào là những vật ngoại ký sinh, tức là chúng được tìm thấy ở bề ngoài cơ thể, trên mang hoặc trên và dưới vảy. Các mầm bệnh này có thể dễ dàng được xử lý với nước ngọt, mặc dù điều này là không hiệu quả lắm để điều trị mang. Formanlin là một hoá chất hữu hiệu có thể được sử dụng để xử lý động vật đơn bào và động vật sinh sản vô tính ở mang. Người ta phải thật cẩn thận khi sử dụng formanlin bởi vì nếu sử dụng quá nhiều formanlin có thể giết chết cá và nếu dùng quá ít thì lại không hiệu quả để loại bỏ các mầm bệnh. Cá thường bị tổn thương trong quá trình phân loại, đóng gói và vận chuyển, chúng có thể bị lây nhiễm vi khuẩn lần thứ hai khi cá được bao gói để vận chuyển.
Trong giai đoạn đầu để cá thích nghi với môi trường nuôi mới, chúng cần được xử lý thường xuyên với nước ngọt có hoặc không có thêm formanlin, xanh metylen và có thể là các kháng sinh thích hợp với điều kiện, kích cỡ và loài cá. Nói chung, việc xử lý nên không nhiều hơn 15 - 30 phút. Cá mới được đưa vào nuôi nên được xử lý với nước ngọt và 100ppm formanlin ở ngày thứ hai khoảng 30 phút với sục khí. Cách xử lý này được lặp lại ở ngày thứ tư, mỗi lần theo dõi cá thật gần để nhận biết bất kỳ dấu hiệu bị stress nào của cá. Trong tuần thứ hai, tốt nhất là không nên điều trị cho cá, nhưng còn phụ thuộc vào tình trạng của cá. Nếu cá khoẻ và ăn uống linh hoạt, thì không cần. Khi cần, có thể điều trị hàng tuần hoặc lâu hơn. Cá mới được thả có thể thích ứng với môi trường nuôi mới trong 4 tuần. Việc điều trị này được thực hiện không chỉ loại bỏ các mầm bệnh ở cá, mà còn rất quan trọng để cá thích nghi với môi trường nuôi mới. Không phải tất cả các loài cá đều được yêu cầu phải xử lý phòng bệnh. Việc xử lý phòng bệnh trên được thấy là rất hiệu quả đối với cá song và cá hồng đỏ, đặc biệt ở các trại có quần thể lớn các loài động vật sinh sản vô tính.
Có thể sử dụng từng loại hoá chất hoặc kết hợp với nhiều loại. Thậm chí sau khi xử lý, cá vẫn có thể bị nhiễm vi khuẩn, cụ thể là bị loét, thương tổn trên cơ thể (đặc biệt ở cá song) và bắt đầu chết sau một vài ngày. Trong những trường hợp như vậy, tốt nhất là tiêm thuốc có chứa lưu huỳnh cho tất cả cá trong lồng đó. Ðây là cách xử lý phòng bệnh rất đơn giản đối với cá mới được đưa vào nuôi nhưng hữu hiệu.
Một công nhân trại nuôi có kinh nghiệm cần có khả năng phát hiện sự tấn công của bệnh trong suốt thời gian nuôi. Dấu hiệu đầu tiên khi bệnh xuất hiện là cá không ăn uống không linh hoạt, một số con cá bơi chậm chạp trên mặt nước. Các hành động thích hợp phải được thực hiện ngay lập tức. Tất cả số cá bị nhiễm bệnh trong lồng đó phải được xử lý kịp thời bằng nước ngọt có hoặc không có formanlin hoặc xanh metylen. Nếu cá có các nốt đỏ hoặc thương tổn trên cơ thể, chúng cần được tiêm thuốc lưu huỳnh. Việc xử lý nước ngọt là để loại bỏ hoặc giảm mật độ các loài đơn bào và sinh sản vô tính, còn tiêm thuốc là để điều trị cá bị nhiễm vi khuẩn vibrio toàn thân. Việc xử lý nước ngọt và tiêm thuốc đã được sử dụng thành công ở nhiều trại nuôi cá ở Malaixia.
Các cách điều trị trên có hiệu quả chống lại hầu hết các bệnh, ngoại trừ bệnh tróc vảy ở cá vược và bệnh lở loét ở cá hồng xám. Chúng không có hiệu quả trong việc chữa trị bệnh nhiễm virus. ở Ðông Nam á, cá vược bột rất dễ bị mắc bệnh thối đuôi. Các triệu chứng của bệnh này là đuôi bị thối và các cơ ở đuôi bị phá vỡ. Khi đó, tất cả cá vược trong lồng lưới cần phải được xử lý ngay lập tức bằng nước ngọt.
Cá cần được tiêm chủng chống lại bệnh như thế nào? Hiện nay, chúng ta còn biết rất ít về các loại bệnh trong cá biển nuôi ở Ðông Nam á. Hầu hết cá được nuôi bị nhiễm vi khuẩn vibriosis, đặc biệt là cá song. Vắcxin cho vi khuẩn vibriosis hiện có sẵn ở thị trường ở châu Âu và Mỹ. Cá song được tiêm vắcxin ít bị mắc vi khuẩn vibriosis hơn trong giai đoạn thành thục. Ðể việc tiêm vắcxin hiệu quả, cá song cần đạt độ dài tối thiểu là 10cm và sau khi tiêm, cá cần được điều trị phòng bệnh như đã mô tả ở phần trên trong khoảng 10-14 ngày để tăng miễn dịch với vi khuẩn vibriosis. Vì nếu cá bị nhiễm từ nhiều nguồn gây bệnh khác sẽ làm giảm hiệu quả của việc tiêm vắcxin. Chương trình tiêm văcxin cần được thực hiện ở các trại nuôi với sự tham gia cuả người nuôi.