Trong những trại chăn nuôi lâu năm thì chất thải và mầm bệnh ở rải rác khắp nơi trong khu vực mầm bệnh sẽ gây bệnh khi chúng có điều kiện phát triển đủ mạnh, kết hợp với quy trình phòng bệnh và nuôi dưỡng không tốt. Cho nên, muốn sát trùng chuồng trại đạt hiệu quả cao, chúng ta phải thực hiện tốt một số việc như sau: Phải thực hiện tốt quy trình phòng bệnh bằng vacxin đối với những bệnh nguy hiểm như: Dịch tả, Gumboro, Makret, bệnh đậu... Phải có chế độ chăm sóc, nuôi dưỡng phù hợp với từng giống, từng giai đoạn phát triển của gà để gà khoẻ mạnh, sức đề kháng tốt nhất, có thể chống lại một số tác nhân gây bệnh; các thao tác trong quy trình sát trùng chuồng trại: Thuốc sát trùng chỉ có thể diệt mầm bệnh khi thuốc tiếp xúc với mầm bệnh. Như vậy, những nơi có nhiều phân, rác dơ bẩn, bụi rậm quanh trại sẽ cản trở tác dụng của thuốc sát trùng. Do đó, cần phải dọn phân và chất thải trong chuồng trước khi tiến hành sát trùng và không chỉ sát trùng trong khu vực trại gà mà phải sát trùng cả ở những khu vực có liên quan như lối đi, kho chứa thức ăn, nơi xử lý xác gà chết, nơi chứa phân...
Ta có thể sử dụng 2 nhóm thuốc sát trùng như sau: Nhóm thuốc phun trực tiếp vào đàn gà như thuốc Virkon, thuốc có phổ diệt khuẩn rộng, độ an toàn rất cao, có thể phun thuốc trực tiếp vào đàn gà, vào kho thức ăn và dụng cụ chăn nuôi... Nhóm thuốc phun gián tiếp, sát trùng lối đi nơi xử lý xác gà chết, nơi chứa phân, rác như thuốc Longlife (4cc/1 lít nước), Farm Fluids (2,5cc/1 lít nước). Thuốc có mùi hơi nồng, ít độc đối với gà, sử dụng trước khi nhập gà vào chuồng và sau khi xuất gà hoặc ở xung quanh chuồng trại...
Sát trùng chuồng trại là một trong những khâu kỹ thuật không thể thiếu trong quá trình chăn nuôi, nhằm góp phần phòng ngừa dịch bệnh cho đàn gà, kể cả những bệnh do virut. Khi chọn thuốc sát trùng cần chú ý: Chỉ chọn những loại thuốc có tính an toàn cao, không độc hại đến con người, không ảnh hưởng đến sức khoẻ đàn gà và không tác hại đến môi trường xung quanh; chọn những thuốc có khả năng diệt được nhiều mầm bệnh (có phổ diệt khuẩn rộng).
Quy trình sát trùng chuồng trại chăn nuôi gà như sau: Sát trùng trước khi nhập gà vào trại (1 ngày hoặc vài giờ); sau khi đàn gà xuất chuồng: Tiến hành vệ sinh, dọn dẹp tất cả chất thải của trại, sau đó phun thuốc sát trùng (kể cả trại tiếp tục nuôi đàn mới hay để trống trong thời gian dài); sát trùng định kỳ: Khoảng 10 - 15 ngày phun thuốc sát trùng trực tiếp vào đàn gà 1 lần trong suốt thời gian nuôi; sát trùng trước và sau khi chủng ngừa 1 ngày; sát trùng khi có dịch bệnh xảy ra trong trại hoặc ở những trại lân cận.
Thuốc sát trùng được sử dụng rộng rãi hiện nay là Virkon, pha 10gr/4 lít nước sạch, phun sương vào những khu vực cần sát trùng. Thuốc rất an toàn, có thể sử dụng để khử trùng nước uống cho gà.