Trong chăn nuôi, để đạt hiệu quả kinh tế cao, ngăn ngừa sự lây nhiễm và phát sinh dịch bệnh trên gia súc, gia cầm cần thiết phải đảm bảo yêu cầu định kỳ vệ sinh sát trùng chuồng trại, vật dụng chăn nuôi. Một số loại thuốc sát trùng được sử dụng phổ biến trong chăn nuôi hiện nay, như là Chlorine, Lodophors, Peroxide, Phenol, Quaternary ammonia, Aldehydes... Tùy thuộc vào đối tượng vật nuôi và mục tiêu cần đạt đến trong việc sát trùng mà người chăn nuôi có thể chọn lựa những loại thuốc khác nhau.
1. Nhóm Chlorine, Lodophors: Gồm các thuốc sát trùng có chứa Chlorine và Iodine, Iodophor.
- Chlorine: có phổ rộng, diệt được vi khuẩn, virus, nấm, bào tử và tảo. Chloramin T và Chloramin B là 2 loại thuốc sát trùng thuộc nhóm này, thường được pha loãng với nồng độ 2 - 5% để phun xịt chuồng trại. Chloramin có tính an toàn cao nên còn dùng sát trùng cục bộ cho gia súc hoặc sát trùng nước uống. Tuy nhiên cần chú ý Chlorine ăn mòn kim loại và làm hư hỏng gỗ, bị mất tác dụng khi môi trường có phân, chất bẩn hữu cơ, do đó nên làm sạch chuồng trại, dụng cụ trước khi sát trùng.
- Iodine và Iodophor: Có đặc tính gần giống với Chlorine, nhưng có hiệu quả diệt bào tử khá hơn. Vime-Iodine là một loại thuốc sát trùng thuộc nhóm này, được sử dụng rộng rãi trong chăn nuôi để sát trùng cục bộ, chuồng trại chăn nuôi, sát trùng nước nuôi thủy sản.
2. Nhóm Peroxide, Phenol (chất oxy hóa):
Có tính ăn mòn thấp, độc tính thấp nhưng không diệt được virus và cũng không hiệu quả khi có các chất hữu cơ hiện diện. Để tăng khả năng diệt khuẩn người ta thường kết hợp với một số hoá chất khác như Virkon để thuốc có thể diệt được hầu hết các loại mầm bệnh và không bị mất tác dụng bởi nước cứng và các chất hữu cơ. Virkon được sử dụng đa dạng trong chăn nuôi như sát trùng giày ủng, quần áo, phương tiện vận chuyển, thiết bị, nước uống, chuồng trại đang nuôi gia súc, gia cầm...
3. Nhóm Quarternary Ammonium (Ammonium bậc 4):
Độc tính thấp, không ăn mòn, nồng độ sử dụng thấp, giá tương đối rẻ. Tuy nhiên chỉ tác động chủ yếu đến vi khuẩn, không hiệu quả đối với các virus không vỏ bọc, virus cúm, bào tử, nấm. Hiệu quả tốt hơn khi làm sạch bề mặt đối tượng sát trùng. Các thuốc phổ biến là BKC 80%, BKA, có thể dùng sát trùng chuồng trại gia súc, gia cầm khi trại chưa có dịch hoặc trong vùng bị dịch đe doạ.
4. Nhóm Aldehydes:
Phổ sát trùng rộng diệt hầu hết các loại vi khuẩn, virus, nấm, bào tử và ký sinh trùng. Thuốc có hiệu quả cao, ngay cả khi có mặt cặc chất hữu cơ. Tuy nhiên thuốc gây độc cho người và gia súc, không sử dụng khi có gia súc, gia cầm trong chuồng nuôi. Sử dụng phổ biến hiện nay là Formaldehyde (formol) và Protectol (glutaraldehyde), hoặc hỗn hợp giữa glutaraldehyde và Ammonium bậc 4 là Vime- Protex, kết hợp này giúp mở rộng phổ diệt vi khuẩn của glutaraldehyde và giảm nồng độ sử dụng để giảm tác nhân gây độc.