Trước khi ngập úng 1 – 1,5 tháng: Cần tôn cao đất liếp, củng cố đê bao chắc chắn. Xén tỉa cành vô hiệu vào tháng 7 - 8 để hạn chế tiêu hao chất dinh dưỡng và ngưng làm cỏ vườn cuối tháng 7 giúp đất không đóng váng, điều hòa dòng chảy, ít lay động gốc khi vườn cây bị ngập úng. Nếu cây có mang đọt non trong thời kì bị ngập úng thì sẽ tiêu hao rất nhiều dưỡng chất làm cho cây dễ suy yếu và có thể dẫn đến chết cây. Do đó, trước khi ngập úng thì không nên bón nhiều phân đạm, vì phân đạm sẽ kích thích cây ra đọt non. Cũng không bón phân hữu cơ cho vườn cây vì phân hữu cơ sẽ làm cho các vi sinh vật trong đất hoạt động mạnh, tiêu hao nhiều oxy và khi đất bị ngập úng trong tình trạng yếm khí thì rễ cây sẽ không đủ oxy để hô hấp. Giai đoạn này nhà vườn nên phun phân NKP (100g/10 lít nước) đều lên thân, lá; cách 5 ngày phun lại lần 2, sẽ hạn chế cây ra đọt non và giúp lá mau già. Cắt tỉa cành non, trái non sau khi phun phân NKP.
- Giai đoạn vườn cây bị ngập úng: Theo PGS TS Nguyễn Bảo Vệ – Trưởng khoa Nông nghiệp, Trường ĐH Cần Thơ thì trong giai đoạn này, các nhà vườn nên sử dụng phân bón lá có chứa đầy đủ các dưỡng chất cần thiết cho cây trồng như: N, P, K, Ca, Mg, S, Fe... để giúp cây tăng khả năng chống chịu trong thời gian bị ngập úng. Cần chú ý là không nên chọn những loại phân bón lá có chứa lượng đạm nhiều sẽ kích thích cây ra đọt non gây bất lợi cho cây trồng trong thời gian này. Đối với ba dưỡng chất lớn là N, P, K thì có thể phun tổ hợp phân: 4 phần phân NKP + 1 phần phân urê (có nghĩa là 4 kg phân NKP sẽ tương ứng với 1kg phân urê). Trộn đều, sau đó lấy từ 100 - 150g hoà tan trong một bình 10 lít và phun đều lên trên lá. Hoặc tổ hợp phân DAP (dạng công nghiệp) cộng với Cloruakali (phân muối ớt) với tỉ lệ: 2 phần DAP, 1 phần Cloruakali và cũng trộn đều, sau đó lấy từ 100 - 150g hoà tan trong một bình 10 lít và phun đều lên trên lá. Ngoài ra, trong giai đoạn bị ngập úng thì khí khẩu ở lá thường hay đóng lại và không quang hợp, không tạo ra được năng lượng cung cấp cho cây nên nhà vườn có thể phun thêm đường gluco (có bán ở các cửa hàng vật tư hoá chất nông nghiệp). Khi phun đường gluco thì nên cộng thêm phân urê với tỉ lệ: 4 phần gluco + 1 phần urê để cây dễ hấp thụ. Trộn đều và lấy ra khoảng 50g hoà tan trong bình 10 lít phun đều lên lá.
- Giai đoạn sau ngập úng: Nên xới nhẹ, phá váng ở lớp đất mặt và đào rãnh để nước rút nhanh ra khỏi mặt líp. Lúc này có thể bón phân trực tiếp lên mặt líp vì khi nước rút rễ cây bắt đầu rút xuống sâu nên sẽ không bị ảnh hưởng. Cũng tổ hợp 2 phần phân DAP cộng với 1 phần phân Cloruakali, trộn đều và bón cho mỗi gốc từ 200g - 500g đối với cây khoảng hai năm tuổi, nếu cây lớn hơn thì có thể tăng liều lượng cao lên. Cần cung cấp thêm chất vôi cho vườn cây ăn trái trong giai đoạn này với liều lượng từ 0,5 - 1 kg cho mỗi gốc (khoảng 500kg – 1.000 kg/1 ha). Ngoài ra, có thể phun thêm phân bón lá để tăng cường dưỡng chất cho cây với liều lượng giống như trong thời kì cây bị ngập úng. Nếu sau lũ cây đã bị vàng lá thối rễ thì nên đốn bỏ trồng cây khác. Hàng năm nên bón phân hữu cơ (phân chuồng ủ hoai mục) cho vườn cây ăn trái sau khi thu hoạch sẽ giúp đất thông thoáng, cây phát triển tốt, khả năng chống chịu sâu bệnh và chịu ngập úng tốt hơn.
Thời gian chống chịu ngập úng của một số nhóm cây ăn trái:
- Nhóm 1: Dễ chết khi ngập thời gian không quá 15 ngày: Đu đủ, cóc, mít, nhãn, chôm chôm, mãng cầu, nhóm cây có múi (cam, quýt, bưởi, chanh), sơ ri, sầu riêng...
- Nhóm 2: Thời gian ngập không quá 30 ngày: Chuối, ổi, vú sữa, dâu,...
- Nhóm 3: Thời gian ngập 1 - 2 tháng: Xoài, sapô, mãng cầu...