Nhiều loại nấm và vi khuẩn gây bệnh như: Nấm bệnh khô vằn, đạo ôn, tiêm hạch; vi khuẩn gây bệnh đốm sọc vi khuẩn, bệnh bạc lá lúa,… tồn tại trên vỏ trấu hạt giống biểu hiện bằng các đốm, vết màu nâu, đen nhỏ trên hạt thóc.
Khử trùng hạt giống trước khi ngâm ủ có tác dụng tiêu diệt hầu hết các mầm bệnh trên hạt giống, hạn chế nguồn bệnh lây cho vụ sau. Có nhiều phương pháp để khử trùng hạt giống. Xin giới thiệu một số biện pháp chính:
Dùng nước vôi trong 2-3% ngâm thóc trong 10-12 giờ để diệt mầm bệnh hại. Cách làm như sau: Lấy 0,2-0,3 kg vôi cục hoặc 0,3-0,5 kg vôi tôi (chú ý là vôi mới tôi khoảng 30-40 ngày trở lại mới có giá trị diệt mầm bệnh), hoà trong 10 lít nước, lọc lấy 6-7 kg nước vôi trong, ngâm được 6-7 kg thóc giống trong 10-12 giờ.
Dùng nước nóng 540C (3 sôi + 2 lạnh) lượng nước nóng cần gấp 3 lần lượng thóc xử lý, thời gian xử lý 4-5 phút.
Dùng hoá chất BVTV như: CuSO4 1-4%; Daconil 30% nồng độ 0,3%; Carbendzim 50% nồng độ 0,3%,… ngâm trong 24 giờ.
Thời gian ngâm thóc giống tính cả thời gian xử lý: Theo cách mới, giống lúa thuần ngâm 72 giờ, giống lúa lai vỏ hạt mỏng, hạt trấu hở ngấm nước nhanh ngâm 35-40giờ là hạt đã hút đủ nước, ngày thay nước hai lần. Ủ ấm trong đống rơm, rạ 25-300C trong 30-40 giờ, trong quá trình ủ không cần mở ra để dấp nước làm mất nhiệt