Nếu trong khối hạt lẫn nhiều tạp chất hoặc sâu hại nước nghiêm trọng thì khả năng biến chất của hạt tương đối lớn. Từ sự biến hoá hình thái của hạt có thể nhận ra mức độ biến chất của hạt. Ví dụ nếu thuỷ phần của hạt là 13%, ở nhiệt độ cao 20 độ C có thể quan sát thấy màu sắc của tử diệp đậm. Còn nếu bộ phận hạt không chín đều, thuỷ phần 13% và ở nhiệt độ bảo quản là 23 độ C thì mặt sau tử diệp màu phớt hồng.

Để khống chế những hiện tượng biến chất của hạt cần phải chú ý những yếu tố sau đây:

- Thuỷ phần: Phải luôn luôn giữ cho thuỷ phần của đậu đỗ ở giới hạn < 12% thấp hơn các loại hạt chứa nhiều tinh bột như thóc, gạo. Nếu như thuỷ phần vượt quá 12% ví dụ ở mức độ là 14% thì hạt bị mềm, tỷ lệ axit béo tăng nhanh, có mùi chua, mốc...

- Nhiệt độ khối hạt giữ ở mức độ bình thường, nếu cao quá sẽ làm phẩm chất giảm. Do vỏ hạt mỏng và dễ bị nứt, nên khi phơi cần tránh ánh nắng buổi trưa quá mạnh nên có thể phơi trong bóng mát, tốt nhất là sau khi thu hoạch phơi cả cây thì hạt đậu được bảo vệ bởi vỏ quả không dễ phát sinh hiện tượng nứt.

- Độ nguyên vẹn của hạt và độ chín của hạt phải đảm bảo đúng tiêu chuẩn loại bỏ hạt xanh lép, vỡ...

Nói chung đối với hạt đậu đỗ người ta áp dụng phương pháp bảo quản kín hoàn toàn là tốt nhất; cách bảo quản tương tự như khi bảo quản khoai và sắn.

Khi nhiệt độ không khí không vượt quá 15 độ C thì căn cứ vào thuỷ phần khác nhau của hạt mà có thể xếp hạt như sau:

- Nếu thuỷ phần của hạt < 12% để hạt rời có độ cao 1,5 m, để trong bao và xếp 8 tầng.

- Nếu thuỷ phần từ 12 - 14% để hạt rời cao 1,0 m và đóng bao 6 tầng.

- Nếu thuỷ phần từ 14 - 16% để hạt rời cao 0,7 m và đóng bao 4 tầng.

- Nếu thuỷ phần từ > 16% để hạt rời cao 0,5 m và đóng bao 2 tấng.

Về mùa hè do thời tiết nóng nực nên độ cao hạt để rời nên giảm đi 1/3 và số tầng bao không quá 2 tầng bao. Với lượng hạt ít có thể dùng chum vại có lót tro bếp để hút ẩm, bỏ đậu vào và đậy kín. Không nhập kho lúc nóng.

Theo tài liệu nghiên cứu của Trung Quốc thì đậu nành nhập kho khi hạt nguội sau 10 tháng tỷ lệ nẩy mầm trên 50%. Nếu nhập kho lúc nóng thì tỷ lệ nẩy mầm chỉ còn 4%.