Ở nước ta, người ta đã sử dụng chế phẩm EM trong trồng trọt để cải thiện năng suất và chất lượng cây trồng, đã sử dụng chế phẩm EM để xử lý ô nhiễm môi trường nuôi thủy sản rất hiệu quả, đặc biệt là xử lý mùi hôi, ruồi nhặng và hầm cầu vệ sinh bị nghẹt. Một số nơi đã dùng chế phẩm này để chế biến phân hữu cơ từ rác thải hoặc phân gia súc, gia cầm do tác dụng thúc đẩy phân mau hoai và cung cấp thêm vi sinh vật hữu ích cho cây trồng của EM.
Trong lĩnh vực chăn nuôi, EM thường được sử dụng để khử mùi hôi chuồng trại, giảm ruồi nhặng, cải thiện sức khỏe và giảm stress cho vật nuôi, góp phần làm tăng năng suất, chất lượng thịt, sữa, làm gia súc mắn đẻ và tăng chất lượng thực phẩm. Ở ĐBSCL, hiện có nhiều trại chăn nuôi heo, gà, bò, ao nuôi tôm cá đã sử dụng chế phẩm EM vào các mục đích này đều thấy có hiệu quả. Có nhiều cách sử dụng chế phẩm EM trong chăn nuôi như: Cho vào thức ăn, nước uống của vật nuôi; phun xịt xung quanh chuồng trại, cho vào bồn chứa phân... Liều dùng khi trộn vào thức ăn gia súc, gia cầm là 3 – 5ml EM/1 kg thức ăn hoặc pha trực tiếp vào nước uống của gia súc là 1 – 3ml EM/1lít nước, dùng mỗi ngày. Nếu sử dụng để khử mùi hôi thì dùng 20 – 30ml EM hòa vào 8 lít nước sạch phun trực tiếp vào chuồng trại, cách 7 ngày một lần.
Một kết quả nghiên cứu gần đây của tác giả Nguyễn Văn Kiện về việc "Sử dụng chế phẩm hỗn hợp vi sinh EM phòng và trị bệnh tiêu chảy ở bò" cho thấy: Việc sử dụng EM trong điều trị và phòng bệnh tiêu chảy ở bò có kết quả tốt, không những không gây biến chứng lâm sàng mà còn góp phần làm tăng năng suất sữa từ 0,47 – 0,67kg sữa/con/ngày. Theo tác giả thì liều dùng thích hợp nhất để điều trị bệnh tiêu chảy ở bò là dùng 3ml EM 5% (hòa 1 lít EM trong 10 lít nước)/kg trọng lượng bò trong 3 ngày cho bò uống, dùng 2 lần/ngày vào buổi sáng và chiều tối.
Để phòng bệnh tiêu chảy cho bò, tác giả khuyến cáo nên dùng EM với liều như trên cách 3 ngày một lần cho bò uống.
Mong rằng với thông tin này, người chăn nuôi ở mọi nơi biết thêm một cách phòng và trị bệnh tiêu chảy ở bò nuôi vừa rẻ tiền vừa hữu hiệu.