Nuôi trồng thủy sản thường gặp rất nhiều trở ngại, khó khăn từ sự thay đổi môi trường, thời tiết, khí hậu. Nuôi thủy sản trong mùa lạnh, những khó khăn trở ngại xảy ra thường xuyên và ảnh hưởng trầm trọng nhất. Những thay đổi này thường xảy ra đột ngột, biến động lớn, trong khoảng thời gian ngắn trong ngày. Những biến động này được biết đến như sự thay đổi liên tục của nhiệt độ nước, nhiệt độ môi trường. Hàm lượng khí oxy trong ao hồ nuôi, sự bất ổn của độ phèn (pH).Cùng với những thay đổi này, cá tôm sẽ có những biểu hiện cụ thể như hạn chế vận động, giảm hoặc bỏ ăn, tăng trưởng lớn lên rất chậm, đôi khi xuất hiện cá thể chết rải rác, một số khác trở màu sậm hơn, màu nước ao hồ nuôi trở nên đen hoặc trong hơn. Cá tôm thường xuất hiện cục bộ trên mặt nước trong thời gian dài, hoặc tụ tập nơi đáy ao không lên ăn mồi. Cùng với diễn biến trên, thức ăn vẫn được đưa xuống mỗi ngày. Môi trường nước ngày càng xấu đi, các thông số môi trường không ngừng tác động theo chiều hướng xấu hơn. Cá tôm trong ao liên tục điều chỉnh, cân bằng các thông số môi trường, liên tục tiêu hao nhiều năng lượng cho sự điều chỉnh đó. Mặt khác khi các thông số môi trường thay đổi, tác động trực tiếp đến quá trình hô hấp, khả năng trao đổi chất giảm mạnh. Quá trình quang hợp cũng giảm dần theo, do chu kỳ chiếu sáng không đủ, tảo trong ao tàn dần, vai trò cung cấp oxy cho ao mất dần tác dụng, vai trò lọc theo đó cũng, không thể phát huy. Đây là thời điểm rất nhạy cảm, môi trường thay đổi theo chiều hướng xấu, sức khỏe cá tôm giảm sút, suy yếu qua từng ngày, lúc này dịch bệnh trong ao bắt đầu có cơ hội bùng phát.
Phổ biến trong mùa lạnh là bệnh nấm thủy mi, khi nhiệt độ thấp, kéo dài, nấm thủy mi bùng phát và lây lan rất nhanh, gây hại trực tiếp cho vật nuôi thủy sản. Để hạn chế tối đa những tác động xấu, khi thời tiết-khí hậu chuyển sang mùa lạnh, cần chủ động phòng ngừa và xử lý môi trường, tránh những diễn biến xấu có thể xảy ra cho ao nuôi. Nên chủ động định kỳ trộn thuốc, các vitamine như C, E với mục đích tăng cường sức đề kháng, gia tăng khả năng chịu đựng của vật nuôi. Lượng thuốc trộn từ 1-3g/kg thức ăn, định kỳ 5 ngày trộn thuốc một lần. Ngoài ra, thường xuyên bổ xung thêm các premix, khoáng hỗ trợ thêm. Đối với môi trường nên chủ động thay nước thường xuyên, lượng nước thay từ 30-50%. Mức nước nên dâng cao và giữ ở mức trên 1,5m. Quanh ao nuôi nên thả thêm lục bình chiếm 2/3 mặt nước hồ nuôi. Về thức ăn, nếu dùng thức ăn tươi sống hoặc thức ăn tự chế, cần thay bằng thức ăn công nghiệp dạng viên để chủ động quản lý lượng ăn hàng ngày, và kích thích vật nuôi thủy sản gia tăng việc bắt mồi, cũng như góp phần hạn chế việc ô nhiễm môi trường. Về lượng ăn, nên giảm so với mức bình quân hàng ngày từ 1/3-1/2, việc thay thế bằng thức ăn công nghiệp dạng viên với mục đích bổ xung về chất, hỗ trợ tích cực quá trình tích lũy năng lượng cho cơ thể. Đáy ao nên bố trí thêm các ống, bọng, hoặc thiết kế đào thêm các mương xẻ, làm nơi cá, tôm trú ẩn. Định kỳ dùng xanh Methylen phun xuống ao nuôi, lượng bình quân từ 0.2-0.5g/m3, với mục đích phòng ngừa nấm thủy mi.