1. Bệnh nhiễm khuẩn máu
1.1.Bệnh nhiễm khuẩn huyết do vi khuẩn Aeromonas.
1.2.Bệnh nhiễm khuẩn do Pseudomonas (bệnh đốm đỏ)
1.3.Bệnh nhiễm khuẩn huyết do Edwardsiella (Edwarsiellosis)
2. Bệnh ký sinh trùng
2.1.Bệnh do Nguyên sinh động vật
2.2.Bệnh do giun sán.
2.3.Bệnh do giáp xác ký sinh.
3. Bệnh nấm thủy mi
Trong nuôi cá bố mẹ, sản xuất giống nhân tạo hay nuôi thương phẩm, vấn đề dịch bệnh thường xảy ra. Bệnh là biểu hiện của trạng thái cơ thể bị xáo trộn do kết quả tác động qua lại giữa 3 nhân tố: cơ thể cá, tác nhân gây bệnh và môi trường sống. Khi môi trường sống có những thay đổi bất lợi cho cá, cá sẽ bị suy yếu, sức đề kháng giảm. Từ đó các tác nhân gây bệnh có cơ hội phát triển, tấn công và gây bệnh cho cá. Dịch bệnh xảy ra thường làm thiệt hại có khi rất nghiêm trọng cho cá nuôi. Cá bị bệnh có thể bị chết, bị gầy yếu, còi cọc, giá trị thương phẩm giảm, không đủ tiêu chuẩn xuất khẩu, gây nhiều thiệt hại về kinh tế cho người nuôi.
Việc phát hiện và chẩn đoán xác định bệnh và chữa trị cho cá bị bệnh không hề đơn giản, vì việc chữa trị cho cá khó khăn hơn nhiều lần so với động vật trên cạn. Chính vì vậy, việc phòng bệnh cho cá là rất quan trọng và cần được quan tâm hơn hết, theo nguyên tắc 'phòng bệnh hơn chữa bệnh'.
Cá tra và ba sa cũng như nhiều loài cá nước ngọt khác, dễ bị nhiễm nhiều loại bệnh phổ biến, cả thời kỳ cá bố mẹ nuôi vỗ sinh sản, giai đoạn cá hương giống ương nuôi và lúc cá nuôi thịt. Các tác nhân gây bệnh cho cá gồm có 2 nhóm là các bệnh truyền nhiễm (do vi rus, vi khuẩn và ký sinh trùng) và tác nhân không truyền nhiễm do môi trường, dinh dưỡng hoặc do các sinh vật gây ra.
1. Bệnh nhiễm khuẩn
Vi khuẩn là một trong những tác nhân gây bệnh khá quan trọng. Hầu hết các vi khuẩn gây bệnh có trong môi trường nước (ao, hồ, sông, rạch), chúng có thể là tác nhân gây bệnh thứ cấp hoặc là tác nhân gây bệnh cơ hội. Một số ít loài vi khuẩn là tác nhân khởi phát, gây bệnh khi có tiếng động các yếu tố môi trường. Tỉ lệ chết do nhiễm khuẩn có thể lên đến 100%, bệnh có thể xảy ra dưới dạng mãn tính, bán cấp tính và cấp tính.

1.1 Bệnh nhiễm khuẩn huyết do vi khuẩn Aeromonas.
-Tác nhân gây bệnh:
Nhóm vi khuẩn gây bệnh chủ yếu thuộc giống Aeromonas: A..hhydrophila, A.caviae, A. sobria.
Vi khuẩn có mặt bình thường trong nước, nhất là trong nước có nhiều chất hữu cơ. Cả cá tra và cá Ba sa đều dễ bị nhiễm các khuẩn trên. Cá con dễ mẫn cảm hơn cá trưởng thành, có thể gây chết đến 80%.
- Dấu hiệu bệnh lý: Cá bệnh bị sẫm màu từng vùng ở bụng, xuất hiện từng mảng đỏ trên cơ thể, hoại tử đuôi, vây xuất hiện các vết thương trên lưng, các khối u trên bề mặt cơ thể, mắt lồi mờ đục và xưng phù, xoang bụng chứa dịch nội tạng hoại tử.
-Phòng trị: Tránh tạo ra các tác nhân cơ hội như nhiễm ký sinh trùng (Nhóm nguyên sinh động vật), tránh làm xây xát cá, vệ sinh không đúng quy định, nước giàu chất hữu cơ (môi trường nuôi nhiễm bẩn), mật độ nuôi quá dày, hàm lượng oxy trong nước thấp, ô nhiễm từ các nguồn nước thải công nghiệp,...
Dùng thuốc tím (KmnO4) tắm cá, liều dùng là 4ppm (4g/m3 nước) đối với cá nuôi trong ao và 10 ppm (10g/m3 nước) đối với cá nuôi trong bè. Xử lý lặp lại sau 3 ngày. Định kỳ tắm cho cá một tuần, hai tuần hoặc một tháng /lần tuỳ thuộc vào tình trạng sức khoẻ của cá.
Dùng thuốc trộn vào thức ăn:
+ Oxytetracyline: 55- 77 mg / kg thể trọng cá nuôi, cho ăn 7-10 ngày.
+ Streptomycin: 50-75 mg / kg thể trọng cá nuôi, cho ăn 5-7 ngày.
+ Kanamycin: 50 mg/ kg thể trọng cá nuôi, cho ăn 7 ngày.
+ Nhóm Sulfamid: 150-200 mg/kg thể trọng cá nuôi, cho ăn 7-10 ngày.
1.2. Bệnh nhiễm khuẩn do Pseudomonas (bệnh đốm đỏ)
- Tác nhân gây bệnh: Pseudomonas fluorescens, P. anguilliseptica,
P. chlororaphis, .
- Dấu hiệu bệnh lý:
Xuất huyết từng đốm nhỏ trên da, chung quanh miệng và nắp mang, phía mặt bụng, bề mặt cơ thể có thể chảy máu, tuột nhớt nhưng không xuất huyết vây và hậu môn, Pseudomonas spp. xâm nhập vào cơ thể sẽ phá hủy các mô, các chức năng trong cơ thể, khi các cơ quan bị phá hủy có thể gây chết đến 70 - 80%.
Pseudomonas spp. gây nhiễm khuẩn huyết thường xâm nhập vào cơ thể cá qua các thương tổn ở mang, da, vẩy do các tác nhân cơ học, thả nuôi với mật độ quá cao, dinh dưỡng kém, hàm lượng oxy giảm,
- Phòng trị:
Dùng vaccin phòng bệnh, giảm mật độ nuôi, cung cấp nguồn nước tốt, tắm 3-5 ppm KMnO4 (không quy định thời gian), có thể dùng các loại kháng sinh để điều trị như trong bệnh nhiễm khuẩn huyết do Aeromonas.
1.3.Bệnh nhiễm khuẩn huyết do Edwardsiella (Edwarsiellosis)
- Tác nhân gây bệnh: bệnh do vi khuẩn Edwardsiella tarda.
- Dấu hiệu bệnh lý:
Xuất hiện những vết thương nhỏ trên da (phía mặt lưng), đường kính khoảng 3 - 5mm, những vết thương này sẽ phát triển thành những khối u rỗng bên trong cơ, da bị mất sắc tố. Cá mắc bệnh sẽ mất chức năng vận động do vây đuôi bị tưa rách. Có thể xuất hiện những vết thương bên dưới biểu bì, cơ, khi ấn vào sẽ phát ra khí có mùi hôi, các vết thương này sẽ gây hoại tử vùng cơ chung quanh. Bệnh thường xảy ra trên cá lớn.
Bệnh xuất hiện khi chất lượng nước trong môi trường nuôi xấu, nuôi với mật độ dày. Nhiệt độ thích hợp để bệnh phát triển khoảng 300 C
- Phòng trị:
Giữ sạch môi trường nước nuôi, giảm thấp mật độ nuôi, dùng vaccin phòng bệnh, có thể dùng các loại kháng sinh để điều trị như trong bệnh nhiễm khuẩn huyết do Aeromonas.

2. Bệnh ký sinh trùng
2.1. Bệnh do Nguyên sinh động vật
2.1.1.Bệnh trùng bánh xe (Trùng mặt trời)
- Dấu hiệu bệnh lý
Khi cá mới mắc bệnh, mình cá có lớp nhớt màu trắng hơi đục, mang cá đầy nhớt , cá bệnh thường nổi đầu và tập trung nơi có nước chảy, cá thích cọ mình vào thành bè, cảm giác ngứa ngáy, đôi khi nhô đầu lên mặt nước và lắc mạnh đầu. Cá bệnh nặng trông lờ đờ, đảo lộn vài vòng, chìm xuống đáy rồi chết. Trùng mặt trời ký sinh chủ yếu trên da, mang, các gốc vây. Bệnh thường xuất hiện ở những nơi ương nuôi với mật độ dày và môi trường nuôi quá bẩn.
- Phòng và trị bệnh
Cần giữ cho môi trường luôn sạch, mật độ cá ương nuôi không quá dày. Dùng Sulphat đồng (CuSO4) ngâm cá với nồng độ 0,5-0,7 g / m3 nước
hoặc tắm cá bệnh với nồng độ 2-5 g /m3 nước trong thời gian 5-15phút. Dùng muối ăn (NaCl) 2-3% tắm cho cá 5-15 phút.
3.1.2. Bệnh trùng quả dưa (Ichthyophthiosis)
- Dấu hiệu bệnh lý.
. Trùng quả dưa ký sinh trên da, mang và vây của cá, trùng bám thành các hạt lấm tấm rất nhỏ, đường kính lớ