Trong mùa lũ, nuôi cá như các mô hình kể trên thì cách nào cũng tốt nhưng phải tùy vào điều kiện ở từng vùng nuôi. Vùng có hệ thống đê bao chủ động được nước thì có thể tổ chức hệ thống nuôi là ao mương hay ruộng. Còn nuôi trong mùng lưới thì tùy vào đối tượng nuôi vì điều kiện chật hẹp nên có thể nuôi một số đối tượng có cơ quan hô hấp phụ như cá rô, cá lóc... Nuôi trong mùng lưới mà mật độ thưa sẽ không hiệu quả bằng nuôi trong ao, mương hay ruộng nhưng có một cái lợi là khi nước lũ lên cao thì có thể dâng mùng lưới theo đỉnh lũ để tránh thất thoát cá.
Nuôi ghép các loại cá thì có thể tận dụng được diện tích ao nuôi và nguồn thức ăn tự nhiên. Do đó có thể thả cá nuôi ở các tầng khác nhau trong cùng một ao:
Tầng đáy: cá chép, cá trê, cá tra
Tầng giữa: mè vinh, rô phi, sặc rằn
Tầng mặt: mè trắng...
Mật độ nuôi tùy vào khả năng đầu tư, nếu có khả năng đầu tư thức ăn ngoài thức ăn tự nhiên thì có thể nuôi ở mật độ cao 5 - 7 con/m2, nếu chỉ tận dụng thức ăn tự nhiên thì nên thả thưa 1 - 2 con/m2. Cần chú ý là mùa lũ chỉ kéo dài khoảng 4 tháng nên khi thả nuôi cần chọn con giống có kích cỡ lớn để khi nước rút thì cá có thể đạt kích cỡ thương phẩm.