Sau nhiều năm nghiên cứu và thử nghiệm, các cán bộ nghiên cứu Viện BVTV đã đưa ra một số phương pháp xử lý hạt thóc giống trước khi gieo mạ nhằm loại bỏ hết các tác nhân gây nên một số bệnh hại như bệnh lúa von, bệnh khô vằn, bệnh lở cổ rễ v.v... được lây truyền từ vỏ hạt giống sang mầm mạ và trên cây lúa sau này. Đây là những phương pháp đơn giản, dễ làm, được bà con nông dân nhiều nơi ứng dụng cho kết quả rất tốt.
Xử lý bằng nước muối (15%): Dùng nước sạch pha với lượng muối 15% (1 lít nước hòa vào 150g muối ăn), khuấy đều cho tan hết muối.
- Cách thử nồng độ: Dùng quả trứng gà tươi thả vào dung dịch nước muối đã pha. Nếu quả trứng nổi lập lờ, nửa chìm, nửa nổi là được. Nếu trứng chìm thì cho thêm muối, nếu trứng nổi trên mặt nước thì cho thêm nước.
- Cho hạt thóc giống vào dung dịch muối đã pha nói trên. Sau 5-10 phút vớt bỏ các hạt nổi (đó là các hạt lép lửng, các hạt bị bệnh), đem các hạt chìm đi ngâm ủ để gieo mạ sẽ được những cây mạ khỏe, đảm bảo chất lượng và sạch bệnh.
Xử lý bằng nước nóng (54oC): Pha 2 phần nước lạnh với 3 phần nước sôi (3 sôi, 2 lạnh), lượng nước xử lý cần gấp 3-5 lần lượng thóc cần xử lý để có nhiệt độ 54oC. Chú ý: Trước và sau khi cho thóc giống vào xử lý cần dùng nhiệt kế kiểm tra để luôn đảm bảo nhiệt độ 54oC mới đảm bảo đủ nhiệt để diệt nấm. Nếu chưa đủ 54 độ C cho thêm nước sôi vào, vừa đổ vừa khuấy đều, thời gian xử lý 3-5 phút.
Xử lý bằng nước vôi trong (2-3%): Dùng 200-300g vôi cục hoặc 400 – 500 vôi mới tôi hòa tan trong 10 lít nước sạch. Để lắng 15-20 phút rồi lọc lấy 6-7 lít nước vôi trong để ngâm cho 6-7 kg thóc giống trong thời gian từ 10-12 giờ. Căn cứ vào lượng thóc giống cần gieo để tính toán lượng nước vôi trong cần pha cho phù hợp.
Xử lý bằng các thuốc trừ nấm: CuSO4 (1-4%), Bavistin, Daconil, Captan... pha nồng độ 0,3% ngâm trong 12 giờ. Một trong những loại thuốc hiện đang được bà con nông dân sử dụng rộng rãi là xử lý thuốc Cruser Plus 312,5 FS để ngăn ngừa sự tấn công gây hại ngay từ đầu đối với bọ trĩ và một số côn trùng chích hút khác trên cây lúa như rầy nâu. Ngoài ra, các hoạt chất thuốc trừ nấm có trong thành phần thuốc sẽ diệt trừ các loại mầm bệnh còn tiềm ẩn trên hạt giống mà với các biện pháp khác khó loại trừ. Nếu xử lý cho 100 kg thóc giống thì pha 20ml thuốc Cruser Plus 312,5 FS với 4-5 lít nước sạch, khuấy kỹ (dung dịch có màu đỏ), tưới và trộn đều với thóc rồi đem ủ cho mọc mầm trước khi gieo.
Sau khi xử lý bằng một trong các phương pháp trên, bà con đem hạt giống ngâm tiếp trong nước lã 48 tiếng đối với lúa thuần (đủ 60 giờ cho cả xử lý thuốc và ngâm nước lã) và 36 giờ đối với lúa lai (đủ 36 giờ cho cả xử lý thuốc và ngâm nước lã). Chú ý ngày thay nước 2 lần, để thóc nơi râm mát đề phòng thối hạt do nước chua hoặc nhiệt độ cao. Đãi sạch hết nước chua, rồi ủ hạt giống trong 25-30 giờ cho đến khi hạt nảy mầm "gai dứa" đem gieo ra ruộng.