Trong 5 năm (2002 – 2006), tổng đầu tư ngân sách cho hệ thống này tăng gần hai lần, từ 56,775 tỷ đồng năm 2002 lên đến 109,54 tỷ đồng năm 2006. Trong giai đoạn tiếp theo (2008-2013), đầu tư cho khuyến nông là 1.257 tỷ đồng, bình quân 210 tỷ đồng/năm, tăng 10,7% năm, nhưng vẫn thấp hơn so với cam kết của Chính phủ Việt Nam với ADB (tăng bình quân 12% năm). Cơ cấu đầu tư kinh phí theo các lĩnh vực, khuyến nông trồng trọt chiếm 24,6%, chăn nuôi 18,2%, khuyến lâm 10,6%, khuyến công 9,8%, khuyến ngư 13,2%, thông tin tuyên truyền 10,8%, đào tạo huấn luyện 10,8%, quản lý 2%.

Hàng năm kinh phí khuyến nông Trung ương sẽ hỗ trợ cho mỗi tỉnh, thành phố khoảng 2 tỷ đồng để triển khai các hoạt động xây dựng mô hình trình diễn, thông tin tuyên truyền, đào tạo huấn luyện. Từ năm 2011, thực hiện Nghị định 02/2010/NĐ – CP về khuyến nông, cơ chế thực hiện các dự án khuyến nông theo từng giai đoạn 3 năm không có đầu mối thực hiện chính, mà giao trực tiếp cho các tổ chức chủ trì, chủ nhiệm dự án, gồm 3 nhóm chính là: Trung tâm Khuyến nông Quốc gia, các đơn vị thuộc Bộ Nông nghiệp và PTNT, các đơn vị ngoài Bộ Nông nghiệp và PTNT (hiệp hội, đoàn thể, trung tâm khuyến nông tỉnh, doanh nghiệp).

 Đầu tư từ nguồn ngân sách địa phương do các tỉnh, thành phố trực tiếp cấp, tuy có tăng, nhưng chưa đáp ứng nhu cầu. Trong giai đoạn 2008 – 2013, bình quân ngân sách địa phương bố trí khoảng 3,0 tỷ đồng/tỉnh/năm, cho các hoạt động khuyến nông. Mức đầu tư của các địa phương có chênh lệch khá lớn giữa các vùng miền, cao nhất là vùng Đồng bằng Sông Hồng, bình quân trên 6 tỷ/tỉnh/năm, các vùng Trung du miền núi phía Bắc, Duyên hải miền Trung, Tây Nguyên, Đồng bằng Sông Cửu Long mức đầu tư chỉ 2 tỷ/tỉnh/năm. Nói chung, mức đầu tư cho hoạt động khuyến nông địa phương là không đáng kể, rất thiếu kinh phí hoạt động. Thực trạng này dẫn đến lãng phí nguồn nhân lực khuyến nông trong khi nông dân đang rất cần được hỗ trợ để phát triển sản xuất./.

Hương Chu